实际施工人在发包人与承包人已签订结算协议的情况下，一般不可以直接申请司法鉴定，但存在例外情形。以下从不同角度为你详细分析：
一、一般情况：实际施工人不可直接申请司法鉴定
在发包人与承包人已经签订了结算协议的情况下，该结算协议通常被视为双方对工程价款等事项的最终确认，具有法律上的约束力。根据合同相对性原则，结算协议主要约束的是发包人和承包人双方，实际施工人并非该协议的直接当事人。因此，在一般情况下，实际施工人不能直接以结算协议存在争议为由，申请对工程价款等进行司法鉴定。
二、例外情形：实际施工人可申请司法鉴定的情况
尽管存在上述一般原则，但在某些特定情况下，实际施工人仍然有可能申请司法鉴定。这些情况主要包括：
结算协议存在无效或可撤销情形：
- 如果结算协议存在违反法律、行政法规的强制性规定，或者存在欺诈、胁迫、恶意串通等情形，导致协议无效或可撤销，那么实际施工人可以在确认协议无效或撤销后，申请对工程价款进行司法鉴定。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，无效的或者被撤销的民事法律行为自始没有法律约束力。因此，在结算协议无效或被撤销的情况下，实际施工人有权要求重新确定工程价款。
实际施工人能够证明结算协议未涵盖其全部工程量或价款：
- 如果实际施工人能够提供充分证据证明，结算协议并未涵盖其实际完成的全部工程量或应得的全部价款，那么在实际施工人与发包人或承包人就剩余工程量或价款无法达成一致的情况下，实际施工人可以申请司法鉴定以确定剩余工程量或价款。
- 实践操作：在实际操作中，实际施工人需要提供详细的施工记录、签证单、验收单等证据材料，以证明其实际完成的工程量或应得的价款。
发包人或承包人同意实际施工人申请司法鉴定：
- 如果发包人或承包人同意实际施工人申请司法鉴定，或者在实际施工人提起诉讼后，发包人或承包人未对司法鉴定提出异议，那么实际施工人可以申请司法鉴定。
- 法律效果：在这种情况下，司法鉴定结果将作为确定工程价款的重要依据，对双方当事人均具有法律约束力。
三、法律建议
- 收集证据：实际施工人在考虑申请司法鉴定前，应尽可能收集与工程量、价款相关的证据材料，如施工记录、签证单、验收单等，以证明其实际完成的工程量或应得的价款。
- 咨询专业律师：由于司法鉴定涉及复杂的法律程序和专业知识，实际施工人在申请司法鉴定前，应咨询专业律师的意见，以确保其申请符合法律规定和程序要求。
- 谨慎选择鉴定机构：如果实际施工人决定申请司法鉴定，应谨慎选择鉴定机构，确保鉴定机构具有相应的资质和信誉，以保证鉴定结果的公正性和准确性。
在实际操作中，每个案件的具体情况都有所不同，因此实际施工人在决定是否申请司法鉴定时，应充分考虑案件的具体情况和法律规定，并在必要时咨询专业律师的意见。如果你有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。