核心结论：在结算无效且实际施工人申请重新鉴定的情况下，发包人承担责任的方式需根据具体情形判断，主要包括以下几种情况：

1. 若发包人存在过错导致结算无效
   根据《民法典》及相关司法解释，若发包人存在与承包人串通虚报工程量、提供虚假结算资料、未履行审核义务等过错行为，导致结算协议无效，发包人需对实际施工人承担赔偿责任。赔偿范围包括实际施工人因结算无效产生的直接损失（如材料费、人工费）及合理利润损失。若重新鉴定结果与原结算差异较大，发包人可能需补足差额部分。

2. 若发包人无过错但结算协议存在法定无效情形
   若结算协议因违反法律强制性规定（如未取得施工许可证、未通过招投标程序）而无效，但发包人无主观过错，此时发包人仍需按实际工程量支付工程款。重新鉴定后，若鉴定结果高于原结算，发包人需按鉴定价款支付；若低于原结算，实际施工人可能需返还超付部分。发包人在此情形下承担的是按实结算责任，而非过错赔偿责任。

3. 若发包人已部分支付工程款
   若发包人已按原无效结算协议支付部分款项，重新鉴定后需根据鉴定结果调整：

   • 多付部分：实际施工人需返还超付金额，发包人可主张不当得利返还；
     
   • 少付部分：发包人需补足差额，并可能承担逾期付款利息（按LPR计算）。
     若发包人拒绝配合重新鉴定，法院可能直接采信实际施工人提供的证据，推定发包人承担不利后果。

4. 发包人抗辩与举证责任
   发包人可通过以下方式减轻责任：

   • 证明实际工程量：提供施工日志、验收记录等证据，反驳实际施工人主张的工程量；
     
   • 主张质量扣款：若工程存在质量问题，可要求扣除修复费用；
     
   • 时效抗辩：若实际施工人主张权利超过诉讼时效，发包人可拒绝支付。
     若发包人未能举证，法院可能直接采纳鉴定结论，判令发包人按鉴定价款支付。

实务建议：发包人应立即核查结算协议无效原因，收集施工过程资料（如签证单、变更单），并主动参与重新鉴定程序，避免因消极应对导致不利判决。若涉及复杂争议，建议委托专业律师介入，通过诉讼策略争取最有利结果。