结论：在多层次转包工程合同无效的情况下，实际施工人的结算依据主要取决于工程的质量以及各方的过错情况。若建设工程经验收合格，实际施工人有权参照合同约定要求支付工程款；若不合格，则需根据修复情况及过错责任来确定结算方式。
一、工程质量合格时的结算依据
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》第七百九十三条，建设工程施工合同无效，但建设工程经验收合格的，可以参照合同关于工程价款的约定折价补偿承包人。这一原则同样适用于多层次转包中的实际施工人。
实际操作：
- 在实际施工中，即使转包合同无效，只要工程经过验收并确认合格，实际施工人就有权要求按照原合同（或实际履行的合同）中的工程价款约定进行结算。这是为了保障工程质量合格前提下的公平与合理，确保实际施工人的劳动成果得到应有的回报。
二、工程质量不合格时的结算依据
无法修复或修复后仍不合格：
- 若建设工程经验收不合格，且无法通过修复达到合格标准，实际施工人无权请求参照合同关于工程价款的约定折价补偿。此时，发包人若对工程质量不合格存在过错，也应承担相应的责任，如赔偿实际施工人因工程质量问题导致的损失。
修复后验收合格：
- 若工程经修复后验收合格，发包人可以请求实际施工人承担修复费用。但在此情况下，实际施工人仍有权请求参照合同约定的工程价款进行折价补偿，不过需扣除修复费用。
三、特殊情况下的结算依据
承包人资信状况恶化、破产或法人主体资格消灭：
- 在特定情况下，如承包人资信状况恶化、破产或法人主体资格消灭等，实际施工人可以在已完成建筑工程质量经验收合格的情况下，要求发包人在欠付工程价款范围内支付相应的工程款。这是为了保护实际施工人的合法权益，防止因承包人问题导致工程款无法支付。
各方过错及损失赔偿：
- 在转包合同无效的情况下，各方过错及损失赔偿也是结算的重要依据。根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第六条，若建设工程施工合同无效，一方当事人请求对方赔偿损失的，应就对方过错、损失大小、过错与损失之间的因果关系承担举证责任。损失大小无法确定时，可以参照合同约定的质量标准、建设工期、工程价款支付时间等内容来确定。
四、建议与注意事项
确保工程质量合格：
- 实际施工人在进行工程施工时，应严格遵守相关质量标准和规范，确保工程质量合格。这是主张工程款的前提和基础。
保留相关证据：
- 实际施工人应保留好与工程施工相关的所有证据，如施工合同、验收报告、付款凭证等。这些证据在主张工程款时将起到至关重要的作用。
及时咨询专业律师：
- 在遇到转包合同无效等复杂法律问题时，实际施工人应及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及可能的法律后果和解决方案。
在实际操作中，应确保工程质量的合格性作为主张工程款的前提，同时明确各方的过错责任及损失赔偿范围。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。