多层违反分包合同无效时，实际施工人的工程款结算依据主要遵循以下原则和规定：

1. 以实际履行的合同为优先参照：

   • 在多层分包且合同均无效的情况下，若能确定实际履行的合同，则该合同中关于工程价款的约定将作为结算的主要依据。实际履行的合同是指双方当事人在合同履行过程中，实际按照哪份合同的约定进行施工、付款等行为的合同。法院会结合双方实际履行过程中形成的签证、函件、通知、会议纪要、进度款申报表、施工内容、施工图纸、施工质量标准、结算文件等证据，综合分析判断发包人和承包人实际履行的是哪一份合同。

2. 实际履行的合同难以确定时，以最后签订的合同为准：

   • 如果双方对实际履行的合同产生争议，且无法通过证据确定实际履行的合同，那么法院会推定当事人最后签订的合同为其最新且真实的意思表示，并以此作为工程款结算的依据。这一原则有助于减少争议，确保工程款的及时结算。

3. 结合工程质量、过错程度等因素合理分配差价：

   • 在无法确认实际履行合同和最后签订合同的情况下，法院可能会将合同之间的差价视为损失，并结合双方的过错程度、已完工程质量、利益平衡等因素，分配合同之间的差价，确定折价补偿依据。这一原则体现了公平原则，确保了各方利益的合理平衡。

4. 工程验收情况对结算的影响：

   • 工程竣工验收合格：如果工程竣工验收合格，那么即使合同无效，实际施工人也有权请求参照合同约定支付工程价款。此时，工程款结算的依据主要是实际履行的合同或最后签订的合同中关于工程价款的约定。
   • 工程竣工验收不合格：如果工程竣工验收不合格，但经修复后验收合格，那么修复费用由实际施工人承担，发包人按约定支付工程款。如果工程竣工验收不合格且经修复后仍不合格，那么实际施工人无权请求参照合同关于工程价款的约定折价补偿。此时，发包人可能会要求实际施工人返还已支付的工程款，并承担由此造成的损失。

法律依据：

• 《中华人民共和国民法典》第七百九十三条：建设工程施工合同无效，但是建设工程经验收合格的，可以参照合同关于工程价款的约定折价补偿承包人。
• 《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第二十四条：当事人就同一建设工程订立的数份建设工程施工合同均无效，但建设工程质量合格，一方当事人请求参照实际履行的合同关于工程价款的约定折价补偿承包人的，人民法院应予支持。实际履行的合同难以确定，当事人请求参照最后签订的合同关于工程价款的约定折价补偿承包人的，人民法院应予支持。

建议：

• 在实际施工过程中，各方应严格遵守法律法规，避免违法分包行为的发生。
• 一旦发生争议，应及时收集并保存相关证据，以便在诉讼或仲裁中维护自己的合法权益。
• 如有需要，可直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律建议。