在工程存在多份合同的情况下，确定以哪份合同作为结算依据，需根据具体情况综合分析，以下是几种常见情况及处理原则：

1. 存在书面结算协议的情况

   • 核心原则：若双方已就结算问题签订书面协议，明确约定以某份合同作为结算依据，则该协议具有直接约束力，应优先适用。
   • 法律依据：根据《民法典》第五百一十条，合同生效后，当事人就质量、价款等未约定或约定不明的，可协议补充。结算协议属于对原合同的补充或变更，具有法律效力。
   • 实务建议：签订结算协议时，需明确合同编号、结算范围、金额等关键条款，避免歧义。若协议中未明确排除其他合同效力，需结合其他证据综合判断。

2. 无书面结算协议，但实际履行合同与备案合同不一致的情况

   • 核心原则：根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第二条，当事人签订的建设工程施工合同与招标文件、投标文件、中标通知书载明的工程范围、建设工期、工程质量、工程价款不一致的，应当以招标文件、投标文件、中标通知书作为结算工程价款的根据（即“黑白合同”规则）。
   • 例外情形：若非必须招标的工程，但当事人自愿招标并备案，实际履行合同与备案合同不一致的，可能以实际履行合同为准，但需结合具体案情判断。
   • 实务建议：对于必须招标的项目，务必确保备案合同与实际履行内容一致；对于非必须招标项目，若选择备案，需在合同中明确约定以备案合同为准，或通过补充协议固定实际履行内容。

3. 多份合同均未备案，且内容存在冲突的情况

   • 核心原则：若多份合同均未备案，且内容冲突，需结合合同签订时间、履行情况、当事人意思表示等因素综合判断。
     • 时间优先：通常以最后签订的合同为准，但需证明后合同是对前合同的变更或补充。
     • 履行优先：若一方已按某份合同实际履行（如支付工程款、接收工程等），且对方未提出异议，可能以实际履行合同为准。
     • 意思表示优先：若双方通过书面或行为明确表示以某份合同为准（如会议纪要、往来函件等），可据此认定。
   • 法律依据：根据《民法典》第四百六十六条，合同解释应结合条款、性质、目的及诚信原则。若合同内容冲突，需通过解释确定真实意思。
   • 实务建议：在签订多份合同时，务必在合同中明确约定“本合同为最终版本，取代之前所有口头或书面协议”，避免争议。若已存在多份合同，建议通过补充协议明确结算依据。

4. 涉及“阴阳合同”的特殊情形

   • 核心原则：若存在“阳合同”（备案合同，内容虚假）与“阴合同”（实际履行合同，内容真实），通常以“阴合同”为准，但需证明“阴合同”是双方真实意思表示，且不违反法律强制性规定。
   • 风险提示：若“阴合同”涉及偷逃税款、规避招标等违法行为，可能被认定无效，此时需根据《民法典》第一百五十七条，按过错分担损失。
   • 实务建议：避免签订“阴阳合同”，若已签订，需确保“阴合同”内容合法，并保留履行证据（如付款记录、施工日志等）。

总结与建议：

• 优先顺序：书面结算协议 > 备案合同（必须招标项目） > 实际履行合同 > 最后签订合同 > 其他证据。
• 风险防范：在签订合同时，务必明确结算依据，避免模糊表述；在履行过程中，保留书面证据（如签证单、往来函件等），固定实际履行内容。
• 争议解决：若发生争议，建议及时委托律师介入，通过证据梳理、法律分析，制定最优维权策略。

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