结论：事业单位在员工孕期因保胎休病假超过6个月后，通知第二年薪资降级处理，这一做法是否合法，需根据具体情况来判断，但一般情况下，这种做法可能涉嫌违法。

分析：

1. 孕期女职工的特殊保护：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国妇女权益保障法》的相关规定，孕期、产期、哺乳期的女职工受到特殊保护，用人单位不得因女职工怀孕、生育、哺乳而降低其工资、予以辞退、与其解除劳动或者聘用合同。

2. 病假与薪资的关系：

   • 员工因病需要休息，这是员工的合法权益。在病假期间，员工应享受相应的病假工资或医疗期工资，具体标准可能因地区和单位政策而异，但通常不会低于当地最低工资标准的一定比例。
   • 薪资降级通常与员工的工作表现、能力、岗位变动等因素有关，而与病假无直接关联。除非合同中有明确约定，否则单位不得仅因员工休病假就对其薪资进行降级处理。

3. 事业单位的特殊规定：

   • 事业单位作为公职单位，其人事管理通常受到更为严格的规范。在处理员工薪资问题时，事业单位应遵循国家法律法规和政策规定，确保员工的合法权益不受侵害。
   • 如果事业单位的薪资降级处理违反了国家法律法规或政策规定，那么这一处理决定就是无效的。

4. 可能的合法情形：

   • 如果员工的病假确实导致了其无法履行原岗位的职责，且单位已经按照相关规定为其安排了其他适合的岗位，但员工拒绝接受或无法胜任新岗位，那么单位在符合法律法规和政策规定的前提下，可能对员工薪资进行适当调整。但这种情况下的薪资调整应基于合理的理由和程序，而非仅因员工休病假。

建议：

• 与单位沟通：首先，建议员工与单位进行沟通，了解薪资降级的具体原因和依据，并表达自己的异议和诉求。
• 寻求法律援助：如果沟通无果，员工可以寻求法律援助或咨询专业律师，了解自己的权益和可行的维权途径。
• 申请劳动仲裁或提起诉讼：在必要时，员工可以向劳动仲裁机构申请劳动仲裁或向人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。

后续行动：

• 如果您是这位员工，我建议您先收集相关证据，如病假证明、薪资记录、单位通知等，以便在需要时证明自己的权益。
• 有问题可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议和帮助。