结论：女公务员孕期保胎居家办公每周工作不足两小时是否合法，不能一概而论，需结合具体情况判断，主要从以下角度分析：

1. 法律法规层面
   • 孕期特殊保护规定：根据《女职工劳动保护特别规定》，女职工在孕期不能适应原劳动的，用人单位应当根据医疗机构的证明，予以减轻劳动量或者安排其他能够适应的劳动。对于怀孕7个月以上的女职工，用人单位不得延长劳动时间或者安排夜班劳动，并应当在劳动时间内安排一定的休息时间。如果女公务员因保胎需要，经医疗机构证明无法正常履行原岗位工作，单位安排其居家办公且减少工作时长，是符合这一规定的，属于合法行为。
   • 工作时长规定：我国实行劳动者每日工作时间不超过8小时、平均每周工作时间不超过44小时的工时制度。但孕期女职工因身体原因，在有医疗机构证明的情况下，工作时长可以适当调整。如果每周工作不足两小时是基于其身体状况和医疗建议，且单位与女公务员协商一致，那么这种工作安排并不违反工作时长的一般规定。
2. 单位规章制度与劳动合同层面
   • 单位规章制度：如果单位有明确的规章制度规定孕期女职工的工作安排和待遇，且该规章制度是经过民主程序制定、不违反法律法规的强制性规定，并向女职工公示或告知的，那么单位按照规章制度安排女公务员居家办公且每周工作不足两小时是合法的。例如，单位规章制度中规定孕期女职工可根据身体状况申请减少工作时长，经审批后执行。
   • 劳动合同约定：劳动合同是用人单位与劳动者确定劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果劳动合同中对孕期女职工的工作安排有特别约定，且该约定不违反法律法规，双方应按照合同约定履行。如果合同中约定了孕期女职工在特定情况下可以减少工作时长，那么单位按照合同执行是合法的。
3. 合理性层面
   • 工作任务的合理性：即使女公务员因保胎居家办公，单位也应根据其身体状况和工作能力，合理分配工作任务。如果每周工作不足两小时是因为单位没有合理分配工作任务，导致女公务员无法充分发挥工作能力，这可能存在不合理之处。例如，单位将原本属于该女公务员的工作任务全部转交给他人，而仅安排一些无关紧要、工作量极少的工作，这种安排可能对女公务员的职业发展产生不利影响，也不利于单位工作的正常开展。
   • 待遇的合理性：女公务员在孕期保胎居家办公期间，单位应按照国家规定和合同约定支付其工资待遇。如果每周工作不足两小时，但单位按照正常工作时长支付工资，这是合理的；但如果单位以此为由降低工资待遇，且没有合法依据，则可能违反法律法规。例如，单位以女公务员每周工作不足两小时为由，只支付其部分工资，而女公务员能够提供医疗机构证明其因保胎需要减少工作时长，且单位没有其他合理理由降低工资，那么单位的行为就是不合法的。

建议：如果女公务员对单位安排的工作时长有疑问或认为不合理，可以与单位进行沟通协商，要求单位提供合理的依据和解释。如果协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。