结论：在公司规章制度被改且旧规章制度找不到的情况下，要申请劳动仲裁，你可以从收集其他证据证明原规章制度内容、尝试与公司协商、直接申请劳动仲裁并说明情况这几个角度入手。以下为你详细阐述：
收集其他证据证明原规章制度内容
- 寻找书面痕迹：
- 尽管旧规章制度文本找不到，但你可以仔细回忆并寻找与旧规章制度相关的书面痕迹。比如，公司之前发布的关于规章制度的通知、公告、邮件等，这些文件可能会提及旧规章制度的关键内容。例如，公司曾通过邮件向全体员工发送过关于考勤制度调整的通知，其中可能包含了旧考勤制度的部分条款，这些邮件就可以作为证明旧规章制度内容的证据。
- 查看公司的内部论坛、工作群聊天记录等，看是否有员工或管理层讨论过旧规章制度的内容。如果有相关的截图或聊天记录，也可以作为证据使用。
- 寻找证人证言：
- 联系曾经在公司工作过且熟悉旧规章制度的同事，请求他们为你提供证人证言。这些同事可以是在你入职前就在公司工作，经历过旧规章制度实施阶段的人员，也可以是与你同期入职，对旧规章制度有共同了解和记忆的人员。他们的证言可以从侧面证明旧规章制度的具体内容。例如，同事可以证明公司之前规定的加班补贴计算方式、年假天数等。
尝试与公司协商
- 明确表达诉求：
- 在申请劳动仲裁前，你可以先尝试与公司进行协商。向公司说明你发现规章制度被修改，但旧规章制度找不到的情况，并明确表达你对相关问题的诉求。比如，如果你认为新规章制度中关于工资发放时间的规定不合理，而旧规章制度中有更合理的规定，你可以向公司提出按照旧规章制度执行或重新协商工资发放时间的诉求。
- 保留协商记录：
- 在协商过程中，要注意保留相关的记录，如书面协商函、邮件往来、聊天记录等。这些记录可以作为你与公司就规章制度问题进行沟通的证据，在后续的劳动仲裁中可能会起到重要作用。
直接申请劳动仲裁并说明情况
- 准备仲裁申请材料：
- 即使旧规章制度找不到，你仍然可以准备劳动仲裁申请材料。申请材料通常包括仲裁申请书、身份证明、劳动关系证明等。在仲裁申请书中，要详细说明公司规章制度被修改的情况，以及你认为新规章制度存在的问题和对你的影响。例如，你可以说明新规章制度中关于绩效考核的标准不明确，导致你的工资被不合理扣减。
- 在仲裁过程中积极举证和陈述：
- 在劳动仲裁过程中，你要积极举证和陈述。除了前面提到的收集的其他证据外，你还可以结合自己的工作经历和实际情况，向仲裁员说明旧规章制度的大致内容和实施情况。仲裁员会根据双方提供的证据和陈述，对案件进行审理和裁决。如果仲裁员认为你提供的证据能够证明新规章制度存在不合理之处，且对你的权益造成了损害，有可能会支持你的仲裁请求。
后续行动建议：在处理这类问题时，建议你保持冷静，按照上述步骤逐步进行。同时，要注意保留好所有与案件相关的证据，以便在需要时能够及时提供。如果你在准备证据或申请劳动仲裁过程中遇到任何问题，都可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。