当公司决定改变制度时，这是一个涉及多方面考量的重要决策，必须确保整个过程的合法性、合理性以及程序的正当性，以维护公司和员工的合法权益。以下是一些详细的步骤和建议，供您参考：
一、明确修改制度的权力与依据
首先，公司有权根据《中华人民共和国劳动法》等相关法律法规，根据自身运营情况和管理需要，依法建立和完善规章制度。这为公司修改制度提供了明确的法律依据。
二、确保修改内容的合法性与合理性
内容合法：
- 修改后的规章制度必须严格遵守现行的国家劳动法律、法规要求，不得违反相关法律法规的强制性规定。例如，不能规定超过法定工作时间而不支付加班费，或者剥夺员工应享有的法定权益。
- 规章制度不得通过单方面变更劳动合同的设定来损害员工权益。即使经过职代会通过，如果与劳动合同冲突或增加劳动者义务，也需劳动者认可才有效。
内容合理：
- 制度内容应具备合理性，既要考虑到公司的正常生产经营需要，也要充分保障员工的基本权益。罚款、处分等措施应适度，避免过高或不合理的规定。
- 不得制定歧视特定性别、种族、宗教信仰等员工的制度条款，确保制度内容符合公序良俗原则。
三、遵循合法的修改程序
民主协商程序：
- 在制定、修改涉及劳动者切身利益的规章制度时，应经职工代表大会或全体职工讨论，提出方案和意见，并与工会或职工代表平等协商确定。
- 保留会议记录、邮件记录等民主程序证据，详细记载讨论过程、员工意见和建议以及最终决议，以备后续查阅和证明。
公示或告知程序：
- 修改后的规章制度必须向全体员工进行公示，确保每位员工都清楚其内容。公示方式可包括公司公告栏张贴、内部办公系统发布等。
- 采用员工手册签收、规章制度培训签到等方式告知员工，并保留相关证据，如公示照片、系统发布记录、员工已读回执等，以证明员工已经知晓并同意新制度。
四、考虑特殊类型公司的特别要求
- 对于上市公司，需遵守《证券法》等相关法律法规，确保制度修改不影响公司信息披露的准确性和完整性。
- 外资企业则需遵守《外商投资法》等特别规定，确保制度修改符合外资企业的管理要求和法律框架。
五、咨询专业法律意见
鉴于修改公司制度的复杂性和专业性，建议在决定修改前咨询专业法律顾问。法律顾问可以提供专业的法律指导，确保修改程序合法、内容合规，并帮助公司规避潜在的法律风险。
六、及时办理变更登记（如涉及公司登记事项变更）
如果公司制度的修改涉及到公司登记事项的变更，如公司名称、住所、法定代表人等，公司还需依法向公司登记机关申请变更登记，以确保公司信息的准确性和合法性。未按规定办理变更登记的，将面临法律责任。
综上所述，公司在修改制度时，应综合考虑内容合法性、程序正当性、公示充分性以及特殊类型公司的特别要求。通过遵循上述步骤和建议，公司可以确保制度修改的合法性，维护公司及所有利益相关者的合法权益。