公司不按制度执行，员工可采取以下措施维护自身权益：

1. 内部沟通与协商
   首先，建议员工通过正式渠道（如书面邮件、会议记录）向直属上级或人力资源部门反映制度未被执行的情况，要求公司说明原因并督促整改。若涉及个人权益受损（如未按时发放工资、未缴纳社保），可明确要求公司补发或补缴，并保留书面沟通记录作为证据。

2. 核查制度合法性与效力

   • 合法性审查：确认公司制度内容是否违反《劳动合同法》《社会保险法》等强制性规定（如未约定加班费计算方式、擅自调岗降薪等）。若制度违法，员工有权拒绝执行，并可向劳动监察部门投诉。
     
   • 程序效力：检查制度是否经民主程序制定（如职工代表大会讨论）并公示告知员工。若未履行法定程序，制度可能对员工不产生约束力，员工可主张相关条款无效。

3. 收集证据并主张权利

   • 证据类型：包括劳动合同、公司制度文本、考勤记录、工资条、沟通记录（微信/邮件）、证人证言等，证明公司未执行制度且损害员工权益。
     
   • 主张方式：
     
     • 若涉及劳动报酬、经济补偿等争议，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁（时效1年）；
       
     • 若公司行为涉嫌违法（如拖欠工资、未缴社保），可向当地劳动监察大队举报，要求行政处罚；
       
     • 若因制度不执行导致人身伤害或重大财产损失，可同步向法院提起民事诉讼。

4. 特殊情形处理

   • 公司以“制度变更”为由单方调整权益：若公司未与员工协商一致，擅自变更劳动合同内容（如薪资、岗位），员工可主张按原合同履行，并要求公司支付赔偿金。
     
   • 制度执行存在“选择性”：若公司仅对部分员工执行制度，涉嫌歧视或滥用管理权，员工可主张平等就业权，要求公司停止侵权行为。

风险提示：

• 员工在维权过程中需避免采取过激行为（如罢工、破坏公司财物），否则可能构成违法；
  
• 若公司以“严重违反制度”为由解雇员工，员工可要求公司出具书面解雇通知，并核查解雇依据是否合法有效。
  

如有具体情境或证据材料，可进一步向我说明，我将结合细节提供针对性建议。