结论：公司故意缩减工时并扣取缺勤费是否合法，需根据具体情况判断，若公司未经合法程序或无正当理由缩减工时并扣费，则不合法。以下从不同角度详细分析：
一、公司缩减工时的合法性分析
劳动合同约定：
- 若劳动合同中明确约定了工时制度（如标准工时制、不定时工作制、综合计算工时工作制等），公司需按照合同约定执行。
- 若公司未经劳动者同意，单方面变更工时制度，属于违法行为。劳动者有权拒绝，并可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
法定工时限制：
- 根据《劳动法》及相关规定，劳动者每日工作时间不超过8小时，平均每周工作时间不超过44小时。公司不得随意延长或缩短工时。
- 若公司因生产经营需要缩短工时，应与劳动者协商一致，并确保缩短后的工时仍符合法定最低标准。
特殊情况下的工时调整：
- 在特殊情况下（如自然灾害、事故灾难、公共卫生事件等），公司可能根据政府要求或实际需要调整工时。但调整应合理，且不得损害劳动者权益。
二、公司扣取缺勤费的合法性分析
缺勤的定义与扣费依据：
- 缺勤通常指劳动者未按照公司规定的时间出勤。但公司扣取缺勤费需有合法依据，如劳动合同、公司规章制度等。
- 若公司规章制度中明确规定了缺勤的扣费标准，且该制度经过民主程序制定并公示，劳动者知晓并同意，则扣费可能合法。
扣费标准的合理性：
- 即使公司规章制度中规定了缺勤扣费，扣费标准也需合理。不得过高或过低，应与缺勤造成的实际损失相当。
- 若扣费标准过高，可能被视为克扣工资，属于违法行为。劳动者有权要求公司返还多扣的费用，并可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
未经同意扣费的违法性：
- 若公司未经劳动者同意，擅自扣取缺勤费，属于违法行为。劳动者有权拒绝，并可要求公司返还被扣的费用。
三、劳动者应对策略
与公司协商：
- 劳动者可首先与公司协商，了解公司缩减工时和扣取缺勤费的具体原因和依据。
- 若公司无法提供合法依据或解释不合理，劳动者可拒绝公司的要求。
向劳动监察部门投诉：
- 若公司坚持违法行为，劳动者可向当地劳动监察部门投诉，要求劳动监察部门介入调查并处理。
申请劳动仲裁：
- 若劳动监察部门无法解决问题，劳动者可向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，要求公司承担违法责任并赔偿损失。
四、法律后果
公司违法行为的法律责任：
- 若公司被认定存在违法行为，可能面临劳动监察部门的处罚，如罚款、责令改正等。
- 公司还需承担向劳动者支付被扣费用、赔偿损失等民事责任。
劳动者权益的保障：
- 劳动者在维护自身权益时，应保留好相关证据（如劳动合同、公司规章制度、工资条、考勤记录等），以便在需要时提供证明。
建议：若你遇到公司故意缩减工时并扣取缺勤费的情况，建议首先与公司协商解决；若协商无果，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。