公司扣减等待工时是否合法，需分情况讨论：

1. 若等待工时被视为正常工作时间的一部分：

   • 在这种情况下，公司扣减等待工时可能构成对员工劳动报酬的非法克扣。根据《劳动法》及相关规定，员工在正常工作时间内提供了劳动，公司就应当支付相应的工资。等待工时，如果被视为员工在工作时间内的一种工作状态（例如，等待任务分配、等待设备就绪等），那么这段时间也应计入工作时间，公司应支付工资。
   • 法律后果：如果公司非法扣减等待工时的工资，员工有权向劳动监察部门投诉，或者通过劳动仲裁、诉讼等途径维护自己的合法权益，要求公司补发工资并可能获得相应的赔偿。

2. 若等待工时被明确排除在正常工作时间之外，且双方有约定：

   • 如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了等待工时不计入工作时间，且员工在签订劳动合同时对此表示同意，那么在这种情况下，公司扣减等待工时的“工资”（实际上可能并未产生应支付的工资，因为等待工时未被视为工作时间）可能不构成非法克扣。但这里的关键是，这种约定必须合法、合理，且不得违反劳动法的强制性规定。
   • 注意事项：即使双方有约定，如果等待工时过长，或者公司利用这种约定变相降低员工工资，仍然可能面临法律风险。因为劳动法保护员工的合法权益，防止公司通过不合理的规定或约定来侵害员工的利益。

3. 特殊情况下的等待工时：

   • 在某些特殊行业或岗位中，等待工时可能是工作的一部分，且这种等待是必要的、合理的。例如，消防员在待命状态下的等待工时，虽然他们可能并没有直接进行灭火工作，但他们的待命状态是保障公共安全所必需的。在这种情况下，等待工时通常应被视为工作时间，公司应支付相应的工资。
   • 法律建议：对于特殊行业或岗位的等待工时问题，建议公司根据实际情况制定合理的规章制度，并明确等待工时的性质、是否计入工作时间以及工资支付方式等。同时，这些规章制度应经过民主程序制定，并向员工公示或告知，以确保其合法性和有效性。

综合建议：

• 对于员工而言，如果公司扣减等待工时，首先应查看劳动合同和公司规章制度中是否有相关规定。如果没有相关规定或规定不明确，可以向公司提出异议，并要求公司支付相应的工资。
• 如果公司拒绝支付或双方无法达成一致，员工可以向当地劳动监察部门投诉，或者通过劳动仲裁、诉讼等途径维护自己的合法权益。
• 对于公司而言，建议制定合理的规章制度，明确等待工时的性质和处理方式，以避免不必要的法律纠纷。同时，公司应确保规章制度的合法性和有效性，尊重和保护员工的合法权益。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。