公司不在工作时间里扣工资是合法的。下面我来详细解释一下这个结论：
一、法律依据
《中华人民共和国劳动法》：
- 第三十六条规定，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度（后续调整为职工每日工作8小时，每周工作40小时）。
- 第四十一条规定，用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，且对加班时间有明确限制。
- 第五十条规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
《中华人民共和国劳动合同法》：
- 第三十一条规定，用人单位应当严格执行劳动定额标准，不得强迫或者变相强迫劳动者加班。用人单位安排加班的，应当按照国家有关规定向劳动者支付加班费。
二、分析说明
工作时间与工资支付：
- 劳动者在正常工作时间内提供劳动，用人单位应支付相应的工资。这是劳动者的基本权利，也是用人单位的基本义务。
加班与加班费：
- 加班是劳动者在正常工作时间外提供的额外劳动，用人单位应为此支付加班费。
- 如果劳动者拒绝加班，用人单位无权因此扣发其正常工作时间的工资。
扣工资的合法性：
- 用人单位只有在特定情况下（如劳动者违反公司规定、未完成工作任务等）才能扣发工资，且扣发需有合法依据。
- 单纯因为劳动者拒绝加班而扣发工资，是违法的。
三、结论总结
综上所述，公司不在工作时间里扣工资是合法的。劳动者有权拒绝加班，且用人单位不得因此扣发其正常工作时间的工资。如果用人单位违法扣发工资，劳动者可以通过协商、投诉、仲裁或诉讼等途径维护自己的合法权益。
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