当公司发现员工有传染病时，这是一个需要谨慎且合规处理的问题。以下是我为您提供的详细处理流程和建议：

一、立即采取隔离措施

1. 确保员工安全：首先，公司应确保感染传染病的员工得到及时的治疗和隔离，以防止疾病在公司内部进一步传播。
2. 提供必要支持：为员工提供必要的医疗和心理支持，如协助联系医疗机构、提供必要的防护用品等。

二、报告相关部门

1. 遵循法律法规：根据《传染病防治法》等相关法律法规，公司有义务向当地卫生部门报告传染病病例。
2. 配合调查：积极配合卫生部门的调查工作，提供必要的员工信息和公司环境信息。

三、保护员工隐私

1. 保密处理：在处理传染病病例时，公司应严格保护员工的个人隐私，避免泄露其个人信息和病情。
2. 避免歧视：确保其他员工不对感染传染病的员工产生歧视或排斥行为，维护公司的和谐氛围。

四、加强防控措施

1. 环境消毒：对员工的工作区域进行彻底消毒，以降低疾病传播的风险。
2. 健康监测：对其他员工进行健康监测，如体温测量、症状询问等，及时发现并隔离潜在病例。
3. 宣传教育：加强员工对传染病的认识和防控意识，通过培训、宣传等方式提高员工的自我保护能力。

五、合规处理劳动关系

1. 支付工资：根据相关法律法规，如员工因传染病隔离治疗期间不能提供正常劳动，公司应按正常劳动支付其工资。
2. 避免违法解除：在员工感染传染病期间，除非员工存在严重过错，否则公司不得以此为由解除劳动合同。
3. 提供病假：隔离期结束后，如员工仍需停止工作进行治疗，公司应按照国家规定支付病假工资。

六、后续跟进与关怀

1. 关注员工康复：定期了解员工的康复情况，提供必要的帮助和支持。
2. 心理疏导：为员工提供心理疏导服务，帮助其缓解因传染病带来的心理压力和焦虑情绪。

七、参考专业规定

对于特定传染病，如艾滋病等，公司还应参考相关职业暴露感染处理程序规定，如《职业暴露感染艾滋病病毒处理程序规定》等，确保处理流程的合规性和科学性。

综上所述，公司在发现员工有传染病时，应立即采取隔离措施、报告相关部门、保护员工隐私、加强防控措施、合规处理劳动关系、后续跟进与关怀，并参考专业规定进行处理。这些措施旨在确保员工的健康和安全，同时维护公司的正常运营和和谐氛围。