公司应依法依规处理员工入职后患传染病的情况，核心原则是保障员工权益、防止疫情扩散并维护正常工作秩序，具体处理方式需结合传染病类型、员工病情及法律规定综合判断。以下是具体分析：

1. 传染病类型与法律定性

• 甲类传染病（如鼠疫、霍乱）：根据《传染病防治法》，公司需立即向当地疾控部门报告，并配合采取隔离、消毒等强制措施。员工需暂停工作接受治疗，公司不得以此为由解除劳动合同。
• 乙类传染病（如新冠、艾滋病）：若属于需集中隔离的（如新冠），公司应按政府要求安排隔离，并支付隔离期间工资（按正常出勤标准）；若无需隔离（如艾滋病），员工可正常工作，公司不得歧视或单方调岗。
• 丙类传染病（如流感）：员工需根据病情轻重决定是否请假，公司应按病假处理，支付病假工资（通常为当地最低工资的80%）。

2. 公司具体处理步骤

• 第一步：核实病情与医嘱
  要求员工提供医疗机构出具的诊断证明、病假建议书等材料，明确是否需要隔离、治疗期限及复工条件。若员工拒绝提供，公司可依据规章制度要求其配合，否则可按旷工处理。
• 第二步：分类处理
  
  • 需隔离治疗：按政府要求安排隔离，隔离期工资按正常出勤支付；隔离期满后需继续治疗的，按病假处理。
    
  • 无需隔离但需病假：按公司病假制度审批，支付病假工资，并要求员工定期提交病情进展证明。
    
  • 隐瞒病情或拒不配合：若员工故意隐瞒传染病病情或拒不配合隔离，公司可依据《劳动合同法》第39条（严重违反规章制度）解除劳动合同，但需确保规章制度中明确规定此类情形。
• 第三步：复工审查
  员工隔离期满或病假结束后，公司可要求其提供医疗机构出具的康复证明，确认其具备劳动能力后再安排复工，避免疫情扩散风险。

3. 禁止行为与风险规避

• 禁止歧视：公司不得因员工患传染病而降低工资、调岗或解除劳动合同（除非符合法定解除条件），否则可能构成就业歧视，需承担赔偿责任。
  
• 禁止泄露隐私：公司需对员工的病情信息保密，不得随意公开或传播，否则可能侵犯员工隐私权。
  
• 完善制度：建议公司在规章制度中明确传染病处理流程（如隔离期工资支付、病假审批、复工条件等），并经民主程序公示，以降低法律风险。

4. 特殊情形处理

• 员工因传染病死亡：公司需按《工伤保险条例》认定是否属于工伤（如上下班途中感染新冠可能不认定工伤），并依法支付丧葬补助金、供养亲属抚恤金等。
  
• 公司因疫情停工：若因政府采取紧急措施导致停工，公司需按《工资支付暂行规定》支付员工生活费（通常为当地最低工资的70%-100%）。

总结：公司处理员工患传染病问题时，需兼顾法律合规与人文关怀，严格区分传染病类型、病情阶段及政府要求，避免因处理不当引发劳动争议。如有具体案例或细节疑问，可直接向我咨询。