从您描述的情况来看，工资由两家公司发放，但社保仅由一家公司缴纳，这种做法在法律上是不合规的，且存在潜在风险。以下是对此问题的详细分析：
一、法律层面的合规性
根据《中华人民共和国社会保险法》的规定，用人单位应当自用工之日起三十日内为其职工向社会保险经办机构申请办理社会保险登记。这意味着，员工与哪家公司存在劳动关系，就应当由该公司为员工缴纳社保。如果工资由两家公司发放，但社保仅由一家公司缴纳，这很可能意味着其中一家或两家公司都未依法为员工足额缴纳社保，这是不符合法律规定的。
二、潜在风险分析
对员工而言：
- 在发生工伤、疾病等需要享受社保待遇时，由于实际工资收入与社保缴费基数不匹配，员工可能无法足额获得相应的社保待遇，如工伤保险赔偿、生育津贴等。
- 在涉及社保相关权益，如购房资格、落户条件等方面，也可能因社保缴纳情况与实际工作情况不符而受到影响。
对公司而言：
- 这种操作可能面临劳动监察部门的处罚，包括补缴社保费用、加收滞纳金等。
- 在与员工进行劳动争议仲裁或诉讼时，公司可能会因未依法缴纳社保而承担不利后果，增加企业的法律风险和经济成本。
三、出现该情况的常见原因及建议处理方式
业务外包与合作：
- 如果是因为业务外包或合作导致员工从两家公司获得报酬，建议明确各方的劳动关系和社保缴纳责任。可以通过协商确定由一家主要公司负责统筹缴纳社保，其他公司以劳务费等形式支付相应报酬，并在合同中明确各方的权利和义务。
集团内部调动与薪酬安排：
- 对于集团内部调动或兼职的情况，建议根据员工的实际工作情况和工资收入，由对应的子公司依法为员工缴纳社保。同样，可以在合同中明确社保缴纳的责任和方式。
特殊岗位与项目合作：
- 对于特殊岗位或项目合作形式，如果员工与多家单位存在合作关系，建议签订详细的书面协议，明确工资发放、社保缴纳、工作职责等相关事项。这有助于避免日后产生纠纷。
咨询专业机构：
- 由于涉及到复杂的劳动关系和社保问题，建议企业和员工咨询专业的律师或人力资源顾问。他们可以提供更具体、更专业的建议，帮助企业和员工制定合法合规的解决方案。
综上所述，工资由两家公司发放但社保仅由一家公司缴纳的做法是不合规的，且存在潜在风险。为了保障员工的合法权益和降低企业的法律风险，建议按照员工的实际工作情况和工资收入，由对应的公司依法为员工缴纳社保，并签订详细的书面协议明确各方的权利和义务。如有需要，可以咨询专业的律师或人力资源顾问以获取更具体的建议。