用工合同中写了扣工资是否违法，需根据具体情况来判断。以下是从不同角度进行的分析：
合同条款的合法性基础：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第十七条和《中华人民共和国劳动法》第十九条的规定，劳动合同应当明确约定劳动报酬，这是劳动合同的必备条款之一。劳动报酬的明确约定，旨在保障劳动者的基本权益，确保劳动者的付出得到相应的回报。
- 如果用工合同中明确写了扣工资，但这一扣除是基于合法、合理的理由，如劳动者违反公司规章制度、造成经济损失等，并且扣除的金额和方式符合法律法规的规定，那么这种扣除是合法的。
违法扣除工资的情形：
- 如果用工合同中写的扣工资条款没有合法依据，或者扣除的金额、方式违反了法律法规的规定，如无故克扣工资、超过法定比例扣除工资等，那么这种扣除就是违法的。
- 例如，根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。如果用工合同中的扣工资条款违反了这一规定，那么就是违法的。
实际履行中的考量：
- 除了合同条款本身，还需要考虑实际履行情况。如果用工合同中写了扣工资，但在实际履行过程中，用人单位并未按照合同条款执行，或者劳动者对扣除工资有异议并提出了申诉，那么需要根据实际情况来判断扣除工资的合法性。
- 在这种情况下，劳动者可以与用人单位进行协商，尝试达成一致意见。如果协商不成，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
建议与提醒：
- 对于劳动者而言，在签订用工合同时，务必仔细阅读合同条款，特别是关于劳动报酬和扣除工资的条款。如果发现合同中有违法或不合理的内容，应及时与用人单位沟通并要求修改。
- 对于用人单位而言，在制定用工合同时，应确保合同条款的合法性和合理性。特别是关于扣除工资的条款，应明确扣除的理由、金额和方式，并确保符合法律法规的规定。
总结来说，用工合同中写了扣工资是否违法，取决于扣除的理由、金额和方式是否合法、合理。如果劳动者对用工合同中的扣工资条款有疑问或异议，可以直接向我咨询，我会根据具体情况为你提供专业的法律建议。