结论：合同上未写扣款但工资有扣，这种行为一般是不合法的，不过具体是否合法还需根据实际情况判断。以下从不同角度为你详细分析：

从合同约定角度

1. 合同具有约束力：合同是双方当事人意思表示一致的产物，一旦签订，对双方都具有法律约束力。如果合同中明确约定了工资的构成、发放方式以及是否允许扣款等内容，那么用人单位应当严格按照合同约定执行。若合同上未写明扣款事项，用人单位擅自扣款，就违反了合同的约定，属于违约行为。例如，你和用人单位签订的劳动合同中明确写明每月工资为 5000 元，无其他扣款项目，但用人单位却以各种理由扣除部分工资，这就明显违背了合同约定。
2. 合同变更需协商一致：如果用人单位想要对工资扣款等事项进行变更，应当与劳动者协商一致，并签订书面的变更协议。未经劳动者同意，用人单位单方面变更合同内容并实施扣款行为，是不具有法律效力的。比如，用人单位在没有与你沟通的情况下，自行制定新的扣款规则并从你工资中扣除相应款项，这种做法是不合法的。

从法律规定角度

1. 工资支付规定：根据《工资支付暂行规定》等相关法律法规，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。除非存在法定允许扣款的情形，如用人单位代扣代缴的个人所得税、社会保险费用等，或者因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失，用人单位按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失且可以从工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的 20%。若用人单位的扣款行为不符合这些法定情形，就属于违法克扣工资。例如，用人单位以员工迟到为由，每次扣除 100 元工资，但如果这种扣款方式没有在合同中约定，也不符合公司合法的规章制度规定，且扣除金额可能超过了合理范围，就可能被认定为违法。
2. 规章制度合法性：用人单位的规章制度可以作为管理员工的依据，但必须满足合法性、合理性以及经过民主程序制定并公示等条件。如果用人单位依据内部规章制度进行扣款，而该规章制度存在违反法律法规、显失公平或者未向劳动者公示等情况，那么该规章制度对劳动者不具有约束力，用人单位依据此规章制度进行的扣款行为也是不合法的。比如，公司制定的规章制度中规定员工请假一天扣除三天工资，这种规定明显不合理，违反了法律法规中关于工资支付的规定，不能作为扣款的合法依据。

应对建议

1. 与用人单位沟通协商：当你发现工资被不合理扣款时，首先可以与用人单位的人力资源部门或相关负责人进行沟通，了解扣款的具体原因和依据。要求用人单位提供相关的合同条款、规章制度等文件，以证明其扣款行为的合法性。在沟通协商过程中，要保持冷静和理性，以事实为依据，以法律法规为准绳，争取通过友好协商解决问题。
2. 向劳动监察部门投诉：如果与用人单位协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对用人单位的工资支付情况进行监督检查，对违法克扣工资的行为进行查处。你需要向劳动监察部门提供相关的证据材料，如劳动合同、工资条、扣款通知等，以便劳动监察部门进行调查处理。
3. 申请劳动仲裁：你还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。劳动仲裁是解决劳动争议的一种重要方式，具有专业性强、效率较高、成本较低等优点。在申请劳动仲裁时，你需要提交仲裁申请书、相关证据材料等，并按照仲裁委员会的要求参加仲裁庭审。仲裁委员会将根据事实和法律法规作出裁决，维护你的合法权益。

如果你在工资扣款方面遇到问题，可以直接向我咨询，我会为你提供更详细的法律帮助。