当合同并未写明扣除工资时，劳动者可以采取以下措施来维护自己的合法权益：

1. 与用人单位协商补充约定：

   • 操作建议：首先，劳动者应主动与用人单位的人力资源部门或直接上级进行沟通，明确表达希望合同中能够明确工资扣除的具体情形、比例及方式等要求。在协商一致的基础上，双方可以签订补充协议或在原合同上添加相关条款，确保工资扣除的透明度和合理性。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第五百一十条，合同生效后，当事人可以协议补充质量、价款或者报酬等内容。这为劳动者与用人单位协商补充工资扣除条款提供了法律依据。

2. 参照集体合同或行业惯例：

   • 操作建议：若用人单位存在集体合同，且其中对工资扣除有明确规定，劳动者可参照执行。同时，劳动者也可以了解同行业或相似岗位的工资扣除惯例，作为与用人单位协商的参考。
   • 法律依据：集体合同作为劳动合同的补充和延伸，具有法律效力。在劳动合同未约定工资扣除的情况下，集体合同的规定可以作为重要参考。

3. 依据同工同酬原则确定：

   • 操作建议：若无法协商补充且无集体合同可参照，劳动者可以要求用人单位按照同工同酬的原则确定工资扣除标准。即相同工作、等量劳动、相同业绩应支付同等报酬，相应地，工资扣除也应遵循这一原则。
   • 法律依据：同工同酬是劳动法的基本原则之一，旨在保障劳动者的平等权益。在工资扣除问题上，同样应适用这一原则。

4. 适用法律规定的最低工资标准保障：

   • 操作建议：劳动者应了解当地政府规定的最低工资标准，并确保用人单位在扣除工资后，其支付的工资仍不低于这一标准。若用人单位违反规定，劳动者有权要求补足差额。
   • 法律依据：《中华人民共和国劳动法》第四十八条规定了最低工资保障制度，用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。

5. 通过法律途径维权：

   • 操作建议：若双方无法就工资扣除问题达成一致，或用人单位未按合理标准扣除工资，劳动者可以向劳动争议仲裁机构申请仲裁，或向劳动监察部门投诉。在仲裁或诉讼过程中，劳动者应提供工作记录、工资发放记录等相关证据支持自己的主张。
   • 法律依据：《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》规定了劳动争议的仲裁和诉讼程序，为劳动者提供了法律救济途径。

总结与建议：

• 工资扣除是劳动合同中的重要条款，双方在签订合同时应认真约定。若合同遗漏工资扣除条款，应尽快通过协商或其他合法途径明确，以避免后续纠纷。
• 在维权过程中，劳动者应注意收集并保存相关证据，如工作记录、工资发放记录、沟通记录等，以确保自身权益得到有效保护。
• 若对法律程序不熟悉或遇到复杂情况，建议及时向我咨询，以便获得更专业的法律帮助。