结论：医疗期满后员工不能工作，协商解除劳动合同与单位辞退的补偿金额哪个更多，取决于单位辞退是否合法。若单位合法辞退，补偿金额通常与协商解除相近，但若单位违法辞退，则需支付双倍赔偿金，此时违法辞退的补偿更多。以下是对此问题的详细分析：

一、协商解除劳动合同的补偿

当员工医疗期满后不能工作，若双方协商一致解除劳动合同，用人单位需按照《劳动合同法》的相关规定支付经济补偿。经济补偿的计算依据是劳动者在本单位的工作年限，具体为：

• 每满一年支付一个月工资；
• 六个月以上不满一年的，按一年计算；
• 不满六个月的，支付半个月工资。

此处的“月工资”指的是劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。若劳动者月工资高于当地职工月平均工资三倍的，经济补偿金标准按职工月平均工资三倍的数额支付，且支付年限最高不超过十二年。

二、单位合法辞退的补偿

若员工在医疗期满后既无法从事原工作，也不能接受用人单位另行安排的工作，用人单位有权解除劳动合同，但需提前三十日以书面形式通知劳动者本人或额外支付一个月工资作为代通知金。在此情况下，用人单位需支付的经济补偿与协商解除劳动合同相同，即按照劳动者在本单位的工作年限支付相应的经济补偿金。

三、单位违法辞退的赔偿

若用人单位未遵循法定程序（如未进行调岗安排、未提前通知或未额外支付工资）而直接辞退员工，则构成违法解除劳动合同。在此情况下，劳动者有权要求用人单位支付赔偿金，赔偿金的标准是经济补偿标准的两倍。即：

• 赔偿金计算公式：\(赔偿金 = 经济补偿金 \times 2\)
• 经济补偿金计算公式：\(经济补偿金 = 工作年限 \times 月工资\)（月工资高于当地职工月平均工资三倍的，按三倍计算，且支付年限最高不超过十二年）

显然，若单位违法辞退，员工获得的赔偿金将是经济补偿金的两倍，此时违法辞退的补偿更多。

四、特殊情况与注意事项

1. 医疗补助费：在某些地区，用人单位在合法解除劳动合同时，还需支付不低于劳动者本人六个月工资收入的医疗补助费。对于患重病和绝症的劳动者，医疗补助费应相应增加。但这一规定并非全国统一，具体需根据地方政策执行。

2. 高薪员工限制：若劳动者月工资高于当地职工月平均工资三倍的，经济补偿金和赔偿金的标准均按职工月平均工资三倍的数额支付，且支付年限最高不超过十二年。

3. 程序合法性：用人单位在解除劳动合同时，应严格遵守法律法规，确保程序的合法性。否则，可能面临支付双倍赔偿金的风险。

五、建议与总结

对于员工而言，在医疗期满后不能工作的情况下，应了解自己的权益和可能的补偿金额。若用人单位提出协商解除劳动合同，员工可要求用人单位按照法律规定支付经济补偿。若用人单位违法辞退，员工则有权要求支付双倍赔偿金。

对于用人单位而言，在解除劳动合同时应谨慎行事，确保程序的合法性和补偿金额的准确性。如有疑问或需要进一步的法律帮助，可直接向我咨询。