老板被抓，员工是否有罪以及是否会留案底，主要取决于员工个人的行为、主观认知以及与公司犯罪行为的关联度。以下是对此问题的详细分析：
一、员工不构成犯罪的情况
未直接参与且不明知：
- 如果员工仅仅是按照公司的正常工作流程和指示行事，没有直接参与老板的犯罪行为，并且对公司的非法经营模式或老板的犯罪行为并不知情，那么员工通常不会构成犯罪。因为犯罪的成立需要同时具备主观故意和客观行为，员工缺乏这两者，因此不构成犯罪，也就不会留案底。
受胁迫或欺骗：
- 如果员工是因为受到老板的胁迫、欺骗等不正当手段而被迫参与违法活动，且能证明自己是被迫的，在胁迫或欺骗下无法反抗或选择，那么在某些情况下可以减轻或免除其法律责任。这种情况下，员工也不构成犯罪，不会留案底。但需要注意的是，员工需要提供充分的证据来证明自己是被胁迫或欺骗的。
二、员工可能构成犯罪的情况
直接参与犯罪活动：
- 如果员工直接参与了公司的犯罪活动，比如负责开拓业务、与投资者签订合同等关键业务环节，且这些活动是犯罪行为的一部分，那么员工很可能被认定为共犯，需要承担相应的刑事责任。一旦被定罪，员工就会留下案底。
明知并协助犯罪：
- 如果员工明知公司的经营模式是非法的，却仍然提供协助或支持，比如技术支持、帮助隐瞒违法所得等，即使未直接参与犯罪活动，但因明知并提供帮助，也可能构成共同犯罪。这种情况下，员工同样需要承担刑事责任，并会留下案底。
虽不知情但有监管职责：
- 如果员工对公司相关业务负有监管职责，却因疏忽大意或故意放纵导致老板的犯罪行为得以发生，比如安全管理人员明知老板违规进行危险化学品的储存和经营，却未采取有效措施制止，最终发生严重安全事故，那么员工也需要承担相应责任。这种情况下，员工也可能构成犯罪，并留下案底。
三、法律建议与防范措施
保持警惕，及时报告：
- 员工在工作中应时刻保持警惕，关注公司的经营模式和业务活动是否合法合规。一旦发现违法风险或可疑情况，应及时向上级或相关部门报告，以避免自己陷入不必要的法律风险。
加强合规意识：
- 公司应加强合规文化建设，提高员工的法律意识和风险意识。员工也应通过培训、宣传等方式，确保自己了解并遵守相关法律法规和公司规章制度，避免因为无知而触犯法律。
积极配合调查，保护自身权益：
- 如果员工一旦涉嫌犯罪或被调查，应尽快寻求我的帮助，了解自己的权利和义务，积极配合调查，同时保护自身合法权益。在调查过程中，员工应如实陈述事实，提供证据，避免因为隐瞒或谎报而加重自己的法律责任。
总结来说，老板被抓并不意味着所有员工都有罪或会留案底。员工是否有罪以及是否会留案底，需要根据员工的具体行为、主观认知以及与公司犯罪行为的关联度进行综合判断。因此，员工应时刻保持警惕，加强合规意识，以确保自身不会因他人的犯罪行为而受到牵连。如果有任何法律问题或疑虑，可以直接向我咨询。