结论：工资发放中的交通补助是否可以不定额发放，需结合具体情形判断，主要取决于企业规章制度、劳动合同约定以及是否符合法律法规要求。以下分情况说明：

1. 若企业规章制度或劳动合同中明确约定了交通补助不定额发放
   根据《劳动合同法》第三条、第四条，企业有权依法制定规章制度，并与劳动者协商一致确定劳动报酬的构成及发放方式。若企业通过民主程序制定的规章制度（如员工手册）或劳动合同中明确约定了交通补助属于“不定额发放”（例如根据实际出勤天数、工作业绩或交通成本变动调整），且该约定不违反法律强制性规定（如最低工资标准），则不定额发放具有合法性。
   建议：企业需确保制度或合同条款清晰，避免模糊表述；同时保留调整依据的记录（如考勤表、业绩考核结果），以备争议时举证。

2. 若企业规章制度或劳动合同未约定交通补助发放方式，但实际执行不定额发放
   若双方未明确约定交通补助的性质（如是否属于固定工资组成部分），企业单方面改为不定额发放可能涉嫌违法。根据《劳动合同法》第三十五条，变更劳动合同内容（包括劳动报酬）需与劳动者协商一致并书面确认。若企业未协商即调整，劳动者可主张企业补足差额或按原约定发放。
   例外情形：若交通补助属于“福利”而非“工资”（如企业自愿提供的补贴，非法定或合同约定的义务），企业可能享有更大自主权，但仍需避免随意变更损害劳动者权益。

3. 不定额发放需符合最低工资标准及同工同酬原则
   即使约定或实际执行不定额发放，企业仍需确保劳动者在法定工作时间内提供正常劳动后，实得工资不低于当地最低工资标准（《劳动法》第四十八条）。此外，若交通补助与岗位、职级相关，企业需避免因性别、年龄等因素歧视性调整，否则可能违反《劳动法》第十二条、第四十六条的同工同酬原则。

总结与风险提示：

• 企业角度：若希望灵活调整交通补助，建议通过民主程序制定规章制度或签订补充协议，明确发放规则（如与出勤、绩效挂钩），并保留相关证据。
  
• 劳动者角度：若发现企业随意变更发放方式或克扣补助，可先与企业协商；协商不成可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，主张补足工资差额及经济补偿。
  

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