结论：是否可以在对方单位负担交通费的情况下只领取补助，需分情况讨论，具体如下：

1. 若补助与交通费性质不同且不冲突
   如果补助是独立于交通费之外的额外补贴（例如出差期间的餐费补助、通讯补助等），且双方未明确约定“领取补助即视为放弃交通费报销”，则您可以同时享受对方单位负担的交通费和补助。此时需注意保留交通费的实际支出凭证（如票据），以备对方单位核查。

2. 若补助与交通费存在替代关系
   如果补助是对方单位对交通费的替代性安排（例如直接发放固定金额的“交通补贴”并明确不再报销实际交通费），则您只能选择其中一种方式。此时需以双方书面协议或单位规章制度为准：

   • 有明确约定：按约定执行，例如协议中写明“补助包含交通费”；
     
   • 无明确约定：可与对方单位协商，但需注意口头约定可能存在举证风险，建议补充书面确认。

3. 若对方单位存在违规操作
   如果对方单位以“负担交通费”为由拒绝支付法定补助（如差旅补助、加班补助等），则可能涉嫌违反劳动法或财务制度。例如：

   • 根据《国家机关和事业单位差旅费管理办法》，差旅补助是法定权利，单位不得以报销交通费为由剥夺；
     
   • 若您与对方单位存在劳动关系，单位需同时支付交通费报销和法定补助，否则可能面临劳动仲裁风险。

建议：

• 优先核对双方协议、单位规章制度或财务报销流程，明确补助与交通费的关系；
  
• 保留所有相关凭证（如票据、协议、沟通记录），以备后续争议；
  
• 若涉及劳动关系或大额费用，可进一步向我说明具体场景（如是否为出差、是否签订劳动合同等），我会为您分析具体法律风险。