当公司发现多发工资而员工拒不退还时，公司确实有权采取一系列法律手段来维护自身权益，其中报警是其中一种可行的选择，但具体是否报警以及报警后的处理方式，需要根据实际情况来综合判断。

一、报警的法律依据与合理性

从法律角度来看，如果员工明知工资多发却拒不归还，这种行为可能构成《中华人民共和国刑法》中的侵占罪，特别是当涉及金额较大时。侵占罪是指将代为保管的他人财物非法占为己有，数额较大且拒不退还的行为。因此，在符合侵占罪构成要件的情况下，公司有权向公安机关报警。

二、报警前的建议步骤

1. 内部沟通协商：

   • 在报警之前，公司应首先尝试与员工进行友好协商，明确告知工资多发的事实，并要求其返还多余部分。
   • 通过书面形式（如邮件、通知）固定证据，以便后续争议处理。

2. 发送催告函：

   • 若协商无果，公司可考虑委托律师发送催告函，正式要求员工限期返还款项。
   • 催告函具有法律效力，可以作为后续法律行动的依据。

3. 保留相关证据：

   • 公司应保存工资发放记录、银行转账凭证、与员工的沟通记录等材料。
   • 这些证据的完整性将直接影响案件受理和胜诉的概率。

三、报警后的处理流程

1. 公安机关立案条件：

   • 公安机关在接到报警后，会根据具体情况进行调查，并判断是否满足立案条件。
   • 立案条件通常包括“数额较大”等法定要件，具体标准由地方司法机关确定。
   • 报案时，公司需提交初步证据材料，以证明侵占事实的存在。

2. 刑事追责与民事索赔并行：

   • 在刑事案件审理期间，公司可以同时提起民事诉讼，主张损失赔偿。
   • 刑事追责和民事索赔是两个独立的法律程序，可以并行进行。

四、其他解决途径

除了报警之外，公司还可以考虑以下解决途径：

1. 提起民事诉讼：

   • 若协商和催告均无果，公司可以向人民法院提起民事诉讼，要求员工返还不当得利。
   • 法院会依据事实和法律作出公正判决，并要求员工履行返还义务。

2. 向劳动监察部门投诉：

   • 公司还可以向当地劳动监察部门投诉，请求其介入调查并协助追回多发的工资。
   • 劳动监察部门有权对用人单位进行调查、责令改正，并依法对其作出处罚。

3. 企业内部纪律处分：

   • 根据公司规章制度，对涉事员工进行警告、辞退等处理。
   • 但需确保制度合法合规，且处理程序符合劳动法规定。

五、预防与管理建议

为避免类似问题的再次发生，公司应加强内部管理，完善工资核算和发放流程。具体措施包括建立严格的工资审核制度、加强员工培训与教育、定期核查工资发放情况等。通过这些措施的实施，可以有效降低多发工资的风险，保障公司的合法权益不受侵害。

综上所述，当公司多发工资而员工拒不退还时，公司可以根据实际情况选择报警、提起民事诉讼或向劳动监察部门投诉等法律手段来维护自身权益。同时，加强内部管理和预防措施也是必不可少的环节。