结论：员工拒不退回多发工资，公司一般不能直接申请劳动仲裁要求员工返还，但可以通过协商、民事诉讼等途径解决。若员工行为涉嫌侵占公司财物，公司可报警处理。
详细分析：
劳动仲裁的适用范围：
- 劳动仲裁主要解决的是因劳动报酬、工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护等发生的争议。多发工资的问题，虽然与劳动报酬有关，但本质上是公司因自身管理疏忽导致的财物多发，并非员工与公司之间因劳动报酬的约定或计算产生的争议。因此，多发工资的问题一般不属于劳动仲裁的受理范围。
公司可采取的解决途径：
- 协商：公司可以首先尝试与员工进行协商，要求员工退回多发的工资。这是最为直接和高效的方式，可以避免不必要的法律纠纷。
- 民事诉讼：如果协商无果，公司可以向法院提起民事诉讼，要求员工返还多发的工资。在此过程中，公司需要提供充分的证据证明多发工资的事实，如工资单、银行转账记录等。
- 报警处理：如果员工拒不退回多发工资，且数额较大，公司可以报警处理。员工的行为可能涉嫌侵占公司财物，构成违法行为。警方介入后，会根据具体情况进行调查处理。
法律后果：
- 对于员工而言，如果拒不退回多发工资，可能面临民事赔偿的责任，甚至可能因涉嫌侵占公司财物而承担刑事责任。
- 对于公司而言，如果未能及时采取措施追回多发工资，可能会造成不必要的经济损失。因此，公司应加强内部管理，避免类似情况的发生。
建议：
- 公司应加强财务管理和内部控制，确保工资发放的准确性和及时性。
- 一旦发现多发工资的情况，公司应尽快与员工进行沟通协商，要求退回多发部分。
- 如果协商无果，公司应考虑通过法律途径解决，如提起民事诉讼或报警处理。
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