结论：合同没有底薪，公司以最低工资为标准为基础核算加班费是否合法，需分情况讨论。一般情况下，若该标准不低于当地最低工资标准且符合双方约定及法律规定，则合法；但若因此导致加班费计算低于法定标准，则不合法。
详细分析：
合同约定与法律规定的关系：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，加班费的计算通常基于劳动者的正常工作时间工资。若劳动合同中明确约定了无底薪，但加班费以最低工资为标准计算，且该标准不低于当地最低工资标准，同时双方对此有明确约定且不违反法律强制性规定，那么这种计算方式在合同层面可能是合法的。
- 然而，如果合同中的这种约定导致加班费的实际支付低于法定标准（即按照正常工作时间工资计算出的加班费），则这种约定可能因违反法律强制性规定而被认定为无效。
最低工资标准作为加班费计算基础的合法性：
- 最低工资标准是劳动者在法定工作时间内提供了正常劳动后，用人单位应支付的最低劳动报酬。它并不直接等同于加班费的计算基础。
- 加班费通常应以劳动者正常工作时间的工资为基数进行计算。如果公司仅以最低工资标准作为加班费的计算基础，且该标准低于劳动者正常工作时间的实际工资，那么这种计算方式可能不合法，因为它可能剥夺了劳动者应得的加班报酬。
实际操作中的合法性判断：
- 在实际操作中，判断公司以最低工资为标准计算加班费是否合法，需要综合考虑多个因素，包括劳动合同的具体约定、当地最低工资标准、劳动者正常工作时间的工资水平以及加班费的计算方式等。
- 如果劳动合同中明确约定了加班费的计算方式，且该方式不违反法律强制性规定，同时劳动者在签订合同时对此有充分了解并同意，那么这种计算方式可能是合法的。
- 但如果劳动合同中的约定模糊不清，或者公司在实际操作中违反了合同约定或法律规定，导致加班费支付低于法定标准，那么劳动者有权向公司主张权利，要求公司按照法定标准支付加班费。
建议与后果：
- 对劳动者的建议：如果劳动者发现公司以最低工资为标准计算加班费，且认为这种计算方式不合法，可以先与公司进行协商，要求公司按照法定标准支付加班费。如果协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
- 对公司的后果：如果公司被认定以不合法的方式计算加班费，可能面临劳动监察部门的处罚，包括责令支付拖欠的加班费、加付赔偿金等。同时，公司的声誉和形象也可能受到损害，影响员工的士气和忠诚度。
示例说明：
假设某地区最低工资标准为2000元/月，劳动者正常工作时间的工资为3000元/月。如果劳动合同中约定加班费以最低工资标准为基数计算，且该约定不违反法律强制性规定，那么在公司实际支付加班费时，如果按照最低工资标准计算出的加班费不低于按照正常工作时间工资计算出的加班费（在相同加班时长下），则这种计算方式可能是合法的。但如果按照最低工资标准计算出的加班费明显低于按照正常工作时间工资计算出的加班费，则这种计算方式可能不合法。
总之，合同没有底薪，公司以最低工资为标准为基础核算加班费是否合法，需根据具体情况进行判断。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。