公司不按最低工资标准计算加班费是不合法的。下面我将从法律依据、加班费计算基数以及劳动者维权途径三个方面，为您详细解释这一问题。

一、法律依据

根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条以及《工资支付暂行规定》第十三条的相关规定，用人单位在安排劳动者加班时，必须按照法定标准支付加班费。具体来说：

• 延长工作时间的，支付不低于工资的150%的工资报酬；
• 休息日安排工作且不能安排补休的，支付不低于工资的200%的工资报酬；
• 法定休假日安排工作的，支付不低于工资的300%的工资报酬。

这些规定明确指出了加班费的支付标准，且并未允许以最低工资标准作为计算加班费的基数。

二、加班费计算基数

加班费的计算基数应首先依据劳动合同的约定来确定。若劳动合同中有明确约定的工资数额，该数额即为加班费的计算基数。若劳动合同未明确约定，则应以实际工资（扣除加班费、伙食补助和劳动保护补贴等）作为计算基数。重要的是，加班费计算基数不得低于当地最低工资标准，这是法律对劳动者权益的基本保障。

三、劳动者维权途径

如果公司不按最低工资标准以上的合理基数计算加班费，劳动者可以采取以下措施维护自己的合法权益：

1. 协商沟通：首先尝试与公司进行协商，要求其按照正确的计算基数支付加班费。这是最为直接和高效的解决方式。

2. 投诉举报：若协商无果，劳动者可以向当地的劳动保障监察部门进行投诉。劳动保障监察部门有权对用人单位的违法行为进行调查，并责令其改正，同时要求用人单位支付相应的加班费。

3. 申请劳动仲裁：在必要时，劳动者还可以申请劳动仲裁。劳动仲裁是解决劳动争议的一种重要方式，通过法律途径要求用人单位补足加班费差额，甚至在符合条件的情况下主张相应的经济补偿。

综上所述，公司不按最低工资标准计算加班费是不合法的。劳动者有权要求公司按照法定标准支付加班费，并在必要时通过协商、投诉或申请劳动仲裁等方式维护自己的合法权益。