结论：公司合同中约定底薪4100元，但加班按最低标准计算，这一做法是否合法，需分情况讨论，一般情况下，若“最低标准”低于实际工资标准，则不合法。以下为详细分析：
一、加班工资的计算基数
根据《工资支付暂行规定》第十三条，加班工资的计算基数通常应为劳动者本人的日工资或小时工资。具体来说：
- 工作日加班：支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬。
- 休息日加班：若不能安排补休，则支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。
- 法定节假日加班：支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
这里的“工资”指的是劳动者在正常工作时间内应得的报酬，通常应包括底薪以及可能存在的固定奖金、津贴等，而不应仅指最低工资标准。
二、合同中“加班按最低标准算”的合法性分析
若“最低标准”指的是最低工资标准：
- 最低工资标准是劳动者在法定工作时间或依法签订的劳动合同约定的工作时间内提供了正常劳动的前提下，用人单位依法应支付的最低劳动报酬。
- 如果合同中约定的加班工资计算基数仅为最低工资标准，而劳动者的实际工资（包括底薪、奖金、津贴等）高于最低工资标准，则这种约定可能违反了法律规定，因为加班工资的计算基数应反映劳动者的实际工资水平。
若“最低标准”有特定含义且不低于实际工资标准：
- 如果合同中的“最低标准”并非指最低工资标准，而是双方约定的一个不低于劳动者实际工资标准的加班工资计算基数（例如，双方约定加班工资以底薪4100元为基数计算，但合同表述为“最低标准”），且这种约定不违反法律法规的强制性规定，也不损害劳动者的合法权益，则这种约定可能是合法的。但这种情况较为特殊，且需要合同中有明确的解释或说明。
三、建议与风险提示
审查合同条款：
- 劳动者应仔细审查劳动合同中的相关条款，特别是关于加班工资计算基数的约定。
- 如果合同中的约定模糊不清或存在歧义，应及时与用人单位沟通并明确约定内容。
保留证据：
- 劳动者应保留好与加班相关的证据，如加班记录、工资条等，以便在发生争议时维护自己的合法权益。
寻求法律帮助：
- 如果劳动者认为用人单位的加班工资计算方式违反了法律法规或合同约定，可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律帮助。
示例说明：假设劳动者的底薪为4100元，但合同中约定加班工资按最低工资标准（如2000元）计算。在这种情况下，如果劳动者的实际工资（包括底薪、奖金、津贴等）高于2000元，则这种约定可能违反了法律规定。因为按照法律规定，加班工资的计算基数应反映劳动者的实际工资水平，而不应仅指最低工资标准。
总结：公司合同中约定底薪4100元但加班按最低标准计算是否合法，取决于“最低标准”的具体含义以及是否违反了法律法规的强制性规定。劳动者应仔细审查合同条款并保留好相关证据，以便在发生争议时维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。