结论：公司安排员工在非法定节假日上两天班后进行调休，是否合法需分情况讨论，主要取决于调休是否违反了劳动法的相关规定以及劳动合同或公司规章制度的约定。
分析：
调休的合法性基础：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位在保障劳动者身体健康的条件下，可以安排劳动者加班，但应当依法支付加班费或者安排补休。调休，即安排补休，是用人单位对劳动者加班后的一种补偿方式。
- 如果公司安排员工在非法定节假日加班，并随后安排了相应的调休，且调休时间与加班时间相对应，这通常是被视为合法的。
调休的具体实施：
- 调休时间：调休应当与加班时间相对应，即加班多少时间，就应当安排多少时间的调休。如果公司安排的调休时间不足，可能构成违法。
- 调休安排：公司应当与员工协商一致后安排调休，不能单方面决定。如果公司未经员工同意就擅自安排调休，可能侵犯了员工的合法权益。
- 劳动合同或规章制度：如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了调休的相关条款，公司应当按照这些条款执行。如果违反了这些条款，公司可能面临法律责任。
特殊情况：
- 如果公司安排员工在非法定节假日加班，但并未安排调休，也未支付加班费，这明显违反了劳动法的规定，员工有权要求公司支付加班费或安排调休。
- 另外，如果公司频繁安排员工加班并调休，导致员工无法得到充分的休息，这也可能违反了劳动法关于工作时间和休息休假的规定。
建议：
- 员工角度：如果员工对公司安排的调休有异议，可以先与公司进行协商，表达自己的诉求和理由。如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 公司角度：公司应当合理安排员工的工作时间和休息休假，遵守劳动法的相关规定。在安排加班和调休时，应当与员工充分协商，确保调休的合法性和合理性。同时，公司也应当完善劳动合同和规章制度，明确调休的相关条款和程序。
可能后果：
- 如果公司违反了劳动法的规定，未安排调休或未支付加班费，可能面临劳动监察部门的处罚，包括罚款、责令改正等。
- 员工也有权要求公司支付加班费或安排调休，如果公司拒绝履行，员工可以通过法律途径维护自己的权益。
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