结论：工伤停工留薪期公司只发基本工资，扣除绩效，在多数情况下是不合法的。员工应享受与原来相同的工资待遇，包括基本工资、奖金、津贴等各项福利。

详细分析：

1. 法律依据：

   • 根据《工伤保险条例》第三十三条的规定，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。这里的“原工资福利待遇”是一个综合性的概念，它不仅包括了职工的基本工资，还涵盖了奖金、津贴、补贴等各项福利，即职工在正常出勤状态下所能获得的全部收入。

2. 工资福利待遇的涵盖范围：

   • “原工资福利待遇不变”意味着，如果员工在工伤前的工资结构中包含了基本工资、绩效奖金、岗位津贴等各项收入，那么在停工留薪期内，员工应继续享受这些收入，单位不能仅支付基本工资而扣除其他部分。

3. 停工留薪期的时长与延长：

   • 停工留薪期一般不超过12个月。伤情严重或者情况特殊，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可以适当延长，但延长不得超过12个月。在整个停工留薪期内，包括延长部分，工伤职工的工资待遇都应保持不变。

4. 特殊情况的处理：

   • 虽然存在某些特殊情况，如职工因工伤导致无法正常工作，需要进行劳动能力鉴定等，企业与职工可以协商一个较低的工资标准，但这必须基于双方的明确协商，并且企业的相关规定需符合法律法规的要求。然而，这并不意味着企业可以单方面降低工伤期间的工资待遇，扣除绩效等额外收入。

5. 劳动者的权益保护措施：

   • 如果发现用人单位在工伤停工留薪期内仅发放基本工资，扣除绩效，劳动者首先应与用人单位进行协商，要求其按照法律规定支付足额的工伤工资。
   • 若协商无果，劳动者应收集相关证据，如工伤认定决定书、医院诊断证明、劳动合同、工资条等，以便后续维权使用。
   • 劳动者可以向劳动监察部门投诉，由劳动监察部门责令用人单位改正其违法行为。
   • 劳动者还可以选择向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，通过法律途径要求用人单位补足工资差额，并可能获得相应的经济补偿。

总结与建议： 工伤停工留薪期是职工因工作受伤或患职业病需要暂停工作接受治疗的时间，这段时间内职工的工资待遇应保持不变。如果公司只发基本工资，扣除绩效，这是不合法的。作为劳动者，应了解自己的合法权益，并在必要时采取适当措施来维护这些权益。如果遇到此类问题，建议先与公司进行协商，若协商无果，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。