核心结论：公司人力制定的将加班工资包含在绩效工资里的协议违法，员工有权拒绝签署；若公司以此为由不批准离职，员工可通过合法途径离职并维护自身权益。以下从不同角度展开说明：

从协议违法性角度

1. 加班工资与绩效工资的性质
   • 加班工资是劳动者在法定工作时间之外提供劳动所应获得的报酬，这是法律明确规定的，旨在保障劳动者在额外付出劳动后能够得到相应的经济补偿。例如，根据《劳动法》规定，安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
   • 绩效工资通常是根据劳动者的工作业绩、工作成果等因素来确定的，与劳动者的工作表现和贡献相关。它是一种激励性的工资形式，目的是鼓励员工提高工作效率和质量。
2. 协议违法的原因
   • 公司将加班工资包含在绩效工资里的做法，混淆了两种不同性质的工资，实质上是想通过这种方式规避支付加班工资的法定义务。这种协议违反了法律的强制性规定，根据《劳动合同法》第二十六条规定，用人单位免除自己的法定责任、排除劳动者权利的劳动合同条款无效。所以，这份协议从订立时起就没有法律约束力，员工有权拒绝签署。

从离职处理角度

1. 员工正常离职的权利
   • 根据《劳动合同法》第三十七条规定，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。这是法律赋予劳动者的无因解除权，即劳动者不需要说明任何理由，只要按照法定程序提前通知用人单位，就可以解除劳动合同。所以，员工有权按照法律规定提出离职，公司不能以员工不签署违法协议为由拒绝批准离职。
2. 若公司不批准离职的处理方式
   • 保留证据：员工应保留好与公司沟通离职事宜的证据，如书面离职申请、邮件、聊天记录等，以证明自己已经按照法定程序提出了离职。
   • 继续工作至通知期满：在提前通知期内，员工应继续按照公司规定正常工作，履行自己的工作职责，避免给公司造成不必要的损失。
   • 办理离职手续：通知期满后，员工可以要求公司办理离职手续，包括结清工资、转移社保和档案等。如果公司拒绝办理，员工可以向劳动监察部门投诉，劳动监察部门会责令公司限期改正。
   • 申请劳动仲裁：如果公司仍然不办理离职手续或者克扣工资等，员工可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，要求公司支付工资、办理离职手续等，并可以要求公司支付因未及时办理离职手续给自己造成的损失。

从维护自身权益角度

1. 要求公司支付加班工资
   • 由于公司制定的协议违法，员工有权要求公司按照法律规定支付加班工资。员工可以收集相关证据，如考勤记录、加班通知等，证明自己的加班情况，然后与公司协商支付加班工资。如果公司拒绝支付，员工可以向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁。
2. 主张协议无效
   • 员工可以向劳动争议仲裁委员会或者人民法院主张该违法协议无效，要求公司按照法律规定履行支付加班工资等义务。在仲裁或诉讼过程中，员工需要提供证据证明协议存在违法情形，如协议内容违反法律强制性规定等。