结论前置：员工一边在职一边申请劳动仲裁，用人单位需冷静应对，依法处理。以下是具体分析和建议：
法律层面：员工在职期间申请仲裁的合法性
根据《劳动争议调解仲裁法》第二十八条，劳动者与用人单位发生劳动争议时，无论是否在职，均有权向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。因此，员工在职期间申请仲裁是其法定权利，用人单位不得因此单方解除劳动合同或采取其他报复性措施（如降薪、调岗等），否则可能构成违法解除或违反《劳动合同法》第三十八条的“被迫解除”情形，需承担赔偿金或经济补偿责任。
实务操作：用人单位的应对策略
- 第一步：核实仲裁请求，评估风险
用人单位需在收到仲裁通知后5日内提交答辩状，并重点审查员工主张的诉求（如未签劳动合同双倍工资、加班费、违法解除赔偿等）及证据材料。例如，若员工主张加班费，需核查考勤记录、工资发放记录等是否完整；若主张未缴社保，需确认是否已依法缴纳。
- 第二步：积极应诉，避免缺席裁决
劳动仲裁实行“一裁终局”（部分案件）或“一裁两审”制度，用人单位若缺席仲裁，可能直接被裁决败诉。因此，务必委托律师或法务人员参与庭审，提交反驳证据（如劳动合同、规章制度、员工签字确认的文件等），并针对员工主张的漏洞进行质证（如员工主张加班但未提供加班审批记录）。
- 第三步：协商调解，降低损失
若仲裁请求部分合理或证据对用人单位不利，可主动与员工协商调解。根据《劳动争议调解仲裁法》第四十二条，仲裁庭在作出裁决前可先行调解，调解成功的可制作调解书，具有法律效力且不可反悔。调解优势在于节省时间成本（仲裁周期通常45-60日），且调解结果可灵活约定（如分期支付赔偿、放弃部分诉求等）。
风险防范：日常管理中的合规建议
- 完善劳动合同与规章制度：确保劳动合同条款合法（如试用期、工资结构、解除条件等），规章制度经民主程序制定并公示（如考勤、加班、奖惩制度），避免因程序瑕疵导致条款无效。
- 规范用工管理：保留员工签字确认的文件（如入职登记表、绩效考核表、离职交接单），定期核对考勤与工资发放记录，避免因证据缺失陷入被动。
- 建立劳动争议预警机制：对频繁投诉、绩效不达标的员工，可提前通过书面沟通、培训记录等方式固定证据，降低后续仲裁风险。
总结：员工在职期间申请仲裁是常见现象，用人单位无需过度恐慌，但需依法应对、积极举证，并通过协商或调解降低损失。若对具体案件处理存在疑问，可直接向我咨询，我将结合案件细节提供针对性方案。