结论：员工签了协商补偿协议后，在一定条件下仍然可以申请仲裁加班费。具体能否仲裁成功，需结合协议内容、签订背景及加班事实等多方面因素综合判断。以下从不同角度详细分析：

1. 协商补偿协议的法律效力

   • 协商补偿协议是双方自愿达成的，具有民事合同的性质。只要协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，且不存在欺诈、胁迫或乘人之危等情形，该协议即对双方具有法律约束力。
   • 如果协议中明确包含了加班费的补偿，且员工已经接受了该补偿，那么员工再就加班费申请仲裁可能会面临一定的法律障碍，因为这可能被视为员工已经放弃了进一步主张加班费的权利。

2. 加班费主张的独立性

   • 加班费是员工因超出正常工作时间工作而应获得的额外报酬，这是员工的法定权利。即使员工签订了协商补偿协议，如果协议中未明确包含加班费的补偿，或者补偿金额明显低于员工实际应得的加班费，员工仍然有权就加班费部分申请仲裁。
   • 加班费的主张并不因员工签订了协商补偿协议而自动丧失，关键在于协议中是否对加班费进行了明确且合理的处理。

3. 仲裁申请的可行性

   • 员工在申请仲裁时，需要提供充分的证据证明加班事实的存在以及加班时间的长度。这可能包括考勤记录、工作日志、同事证言等。
   • 如果员工能够证明加班事实，并且协商补偿协议中未对加班费进行合理补偿，那么员工申请仲裁加班费的成功率会相对较高。

4. 特殊情况下的考虑

   • 如果协商补偿协议是在员工不知情或被迫的情况下签订的，例如员工对加班费计算方式存在误解，或者公司以不签协议就不支付其他补偿相威胁，那么该协议可能因存在欺诈、胁迫等情形而被撤销或认定无效。在这种情况下，员工仍然可以就加班费申请仲裁。
   • 另外，如果协商补偿协议中明确约定了“双方就劳动争议一次性了结，今后互不追究”等类似条款，但员工在签订协议时并未明确放弃加班费的主张，或者该条款因违反法律强制性规定而无效，员工仍然有权就加班费申请仲裁。

建议：

• 如果你已经签订了协商补偿协议，但认为协议中未合理补偿加班费，或者对协议内容存在疑问，建议先仔细审查协议条款，并收集相关证据（如考勤记录、工作日志等）以证明加班事实。
• 在考虑申请仲裁前，可以尝试与公司进行协商，看是否能够就加班费部分达成补充协议。
• 如果协商无果，且你认为自己有充分的证据支持加班费的主张，那么可以向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁。

法律后果：

• 如果仲裁裁决支持你的加班费主张，公司将需要支付你相应的加班费及可能的滞纳金或赔偿金。
• 如果仲裁裁决驳回你的主张，你将需要承担仲裁费用，并且可能无法再就同一事项再次申请仲裁或提起诉讼（除非有新的证据或法律理由出现）。

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