劳动者签署协商赔偿协议后，在特定情况下仍然可以申请劳动仲裁。以下是对此问题的详细分析：
一、协议有效且履行完毕的情况
如果双方签订的协商赔偿协议是在平等自愿的基础上达成的，内容不违反法律法规的强制性规定，且已经实际履行完毕，那么该协议通常具有法律效力。在这种情况下，劳动者一般不能再就同一事项申请劳动仲裁或提起诉讼。因为协议已经对双方的权利义务进行了明确约定，且双方已经按照协议履行完毕，再申请仲裁或诉讼缺乏法律依据。
二、协议存在法定无效或可撤销情形的情况
尽管协商赔偿协议具有法律效力，但在以下情形下，劳动者仍可能通过劳动仲裁途径主张权利：
显失公平：
- 如果赔偿协议的内容明显对劳动者不利，如赔偿金额远低于法定标准或实际损失，导致双方权利义务不对等，劳动者可以主张协议显失公平，并请求撤销该协议。例如，劳动者因工伤导致伤残，但协议中约定的赔偿金额远低于按照《工伤保险条例》计算出的应得金额，这种情况下，劳动者有权申请劳动仲裁，要求撤销协议并按照法定标准获得赔偿。
欺诈、胁迫或乘人之危：
- 如果用人单位在与劳动者签订赔偿协议时存在欺诈、胁迫或乘人之危的行为，如隐瞒重要事实、威胁劳动者不签协议就不支付工资或解除劳动合同等，劳动者也可以主张协议无效或可撤销。在这种情况下，劳动者同样可以申请劳动仲裁，要求确认协议无效或撤销协议，并重新确定赔偿数额。
违反法律法规的强制性规定：
- 如果赔偿协议的内容违反了法律法规的强制性规定，如约定用人单位不承担工伤保险责任、免除其法定责任等，该协议也将被认定为无效或可撤销。劳动者可以依据相关法律法规的规定，申请劳动仲裁，要求确认协议无效或撤销协议，并获得相应的赔偿。
三、申请劳动仲裁的时效与注意事项
时效问题：
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。因此，劳动者在发现赔偿协议存在问题后，应及时在规定的时效期间内申请劳动仲裁，以免丧失维权机会。
证据收集：
- 在申请劳动仲裁前，劳动者应尽可能收集相关证据，如赔偿协议、医疗证明、工资单、沟通记录等，以支持自己的主张。这些证据将有助于仲裁委员会查明事实，作出公正裁决。
法律咨询与代理：
- 由于劳动仲裁涉及法律专业知识和程序要求，劳动者在申请仲裁前可以寻求专业律师的帮助，了解相关法律法规和程序要求，准备充分的证据材料，并在仲裁过程中得到专业的法律代理和辩护。
总结来说，劳动者签署协商赔偿协议后，在协议有效且履行完毕的情况下，一般不能再申请劳动仲裁；但在协议存在法定无效或可撤销情形的情况下，劳动者仍有权申请劳动仲裁以维护自身权益。因此，在签订协议前务必谨慎考虑，并尽可能了解相关法律法规和程序要求。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。