结论：公司辞退员工后，即便双方已经签订了补偿协议，劳动者在特定情况下仍然有权申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。具体能否仲裁，需根据协议的具体内容、签订过程及法律规定来判断。
一、可以申请仲裁的情形
协议存在法定可撤销或无效情形：
- 欺诈：若用人单位在协商过程中故意隐瞒重要事实或提供虚假信息，导致员工在不知情或误解的情况下签署协议，员工可在法定期间内申请撤销协议，并通过仲裁寻求合理赔偿。例如，公司承诺支付高额补偿金，但实际并未支付，且员工在签署协议时并不知情。
- 胁迫：如用人单位采用暴力、威胁或非法限制人身自由等手段迫使员工签署协议，则该协议无效。员工有权通过仲裁维护自身权益。
- 重大误解：若员工在签署协议时对关键事实存在错误认识，且这种错误足以影响其决策，员工可在一定期限内申请撤销协议并提起仲裁。比如，员工误以为自己因严重违反公司规章制度被辞退，而实际上并非如此。
- 显失公平：若协议内容明显不公平，严重损害员工合法权益，员工同样有权申请撤销协议并申请仲裁。例如，公司以极低的补偿标准辞退员工，而员工在签署协议时因急需用钱而被迫接受。
协议未涵盖法定应补偿内容：
- 若协议中未约定或约定的经济补偿金低于法定标准，劳动者可要求补足。例如，根据《劳动合同法》规定，公司因经营困难裁员时，应支付员工经济补偿金，若协议中未约定或约定金额低于法定标准，员工可通过仲裁要求补足差额。
- 若协议中未处理员工应得的加班工资、未休年假工资等报酬，劳动者也可通过仲裁要求支付。
协议违反法律法规的强制性规定：
- 如协议中包含不合理的竞业限制条款或限制员工依法主张权利的条款，这些条款无效。员工有权通过仲裁确认协议无效并维护自身合法权益。
二、通常不能仲裁的情况
- 协议合法有效且已履行：
- 当辞退协议是双方真实自愿达成，没有欺诈、胁迫等违法情形，且协议内容清晰合理，并已实际履行完毕时，由于双方已达成一致约定，劳动者通常不能再进行仲裁。例如，公司因业务调整需要裁员，与员工充分协商后达成补偿协议，并已按协议支付了补偿金，员工也办理了离职手续，此时员工再申请仲裁要求额外赔偿，通常不会得到支持。
三、申请仲裁的注意事项
仲裁时效：
- 劳动者应在知道或应当知道自己的权利被侵害之日起一年内提起仲裁申请，以免超过时效而无法获得法律保护。例如，员工在签署辞退补偿协议后，发现公司存在欺诈行为，应在发现之日起一年内申请仲裁。
准备证据：
- 申请仲裁时，劳动者需提供充分的证据，如劳动合同、辞退通知、工资发放记录、录音、聊天记录等，以证明协议存在问题或用人单位存在违法辞退行为。例如，员工可提供与公司协商补偿时的录音证据，证明公司存在欺诈行为。
遵循仲裁程序：
- 劳动者应严格按照仲裁的程序和要求去申请和参与仲裁过程，确保自己的权益得到有效维护。例如，劳动者需向劳动争议仲裁委员会提交书面仲裁申请，并按照仲裁委员会的要求参加庭审等。
总结与建议：公司辞退员工后签订补偿协议，并不意味着员工就完全失去了申请仲裁的权利。若协议存在法定可撤销或无效情形、未涵盖法定应补偿内容或违反法律法规的强制性规定，员工仍有权申请仲裁。因此，在签署辞退补偿协议前，员工应仔细审查协议内容，确保自己的权益得到充分保障。若对协议内容有疑问或发现公司存在违法行为，应及时向我咨询并考虑采取适当的法律措施。