结论：即使您已经签署了离职协议，仍然有可能就加班费未足额计算的问题申请劳动仲裁，但具体能否成功需视协议内容、加班事实及证据情况而定。以下从多个角度为您详细分析：
一、离职协议的法律效力与限制
协议内容审查：
- 首先，需要仔细审查离职协议中关于加班费的条款。如果协议中明确放弃了加班费的主张，或者对加班费进行了不合理的约定（如远低于法定标准），这样的条款可能因违反法律强制性规定或显失公平而被认定为无效。
- 根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者约定的劳动报酬、工作时间等条款不得违反法律、行政法规的强制性规定。因此，如果离职协议中的加班费条款违反了劳动法的规定，该条款将不具有法律效力。
劳动者权利保护：
- 劳动者在签署离职协议时，有权要求用人单位按照法律规定足额支付加班费。如果用人单位未足额支付，劳动者有权在离职后通过法律途径追讨。
- 离职协议的签署并不意味着劳动者放弃了所有权利，特别是当协议内容存在违法或显失公平的情况时，劳动者仍然可以依法维护自己的合法权益。
二、加班费的计算与追讨
加班费的计算标准：
- 根据《劳动法》的规定，加班费应按照劳动者正常工作时间工资的相应比例计算。具体来说，工作日加班应支付不低于工资150%的加班费，休息日加班且未安排补休的应支付不低于工资200%的加班费，法定节假日加班应支付不低于工资300%的加班费。
追讨加班费的途径：
- 如果用人单位未足额支付加班费，劳动者可以先与用人单位协商解决。
- 协商无果的，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，要求用人单位补发加班费。
- 劳动者还可以直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位支付未足额支付的加班费及可能的赔偿金。
三、申请劳动仲裁的注意事项
仲裁时效：
- 劳动者申请劳动仲裁的时效期间为一年，从知道或者应当知道权利被侵害之日起计算。因此，如果您发现加班费未足额计算，应尽快申请仲裁，以免超过时效期间。
证据收集：
- 在申请仲裁前，您需要收集相关证据来证明加班事实及加班费未足额支付的情况。这些证据可能包括加班记录、工资条、劳动合同、离职协议等。
- 证据的充分性和真实性对于仲裁结果具有至关重要的影响，因此您应尽可能收集全面、真实的证据来支持自己的主张。
四、特殊情况下的处理
- 如果离职协议中明确约定了加班费已经结清，但您有充分证据证明该约定与事实不符（如用人单位实际未支付或未足额支付加班费），您仍然可以申请仲裁要求用人单位补发加班费。
- 如果离职协议中的加班费条款虽然存在，但并未明确放弃追讨加班费的权利，或者该条款因违法而无效，您同样有权申请仲裁。
建议：如果您认为加班费未足额计算，且离职协议中的相关条款存在违法或显失公平的情况，我建议您尽快收集相关证据并咨询专业律师（即我本人，李林华律师，专注于建设工程、工伤赔偿领域），以便更好地维护自己的合法权益。在申请仲裁前，我们可以一起仔细审查离职协议的内容，评估仲裁的可行性和风险，并制定合适的维权策略。