在实发工资和合同工资不一致的情况下，赔偿时一般按照实际发放的工资标准来进行计算，但具体还需结合实际情况和法律规定来判断。以下从不同角度为你详细分析：

一、法律原则与规定

根据《中华人民共和国劳动法》及相关法律法规，用人单位与劳动者签订的劳动合同中应当明确约定工资标准，这是双方权利义务的重要依据。然而，在实际操作中，由于各种原因（如加班、奖金、津贴、扣款等），实发工资可能会与合同工资存在差异。

在涉及赔偿问题时，法律更倾向于保护劳动者的实际权益。因此，如果实发工资高于合同工资，且劳动者能够证明这一差异是合理的（如加班工资、奖金等），那么在计算赔偿时，通常会以实发工资作为基准。反之，如果实发工资低于合同工资，且用人单位无法提供合理解释或证据，那么劳动者有权要求用人单位按照合同工资标准进行赔偿。

二、具体情形分析

1. 实发工资高于合同工资：

   • 在这种情况下，如果劳动者能够证明实发工资中的额外部分（如加班工资、奖金、津贴等）是合理的，并且用人单位没有提出异议，那么在计算赔偿时，通常会以实发工资作为基准。
   • 例如，劳动者因加班而获得了额外的加班工资，这部分工资应当计入实发工资中，并在计算赔偿时予以考虑。

2. 实发工资低于合同工资：

   • 如果实发工资低于合同工资，且用人单位无法提供合理解释或证据（如扣款依据、绩效不达标等），那么劳动者有权要求用人单位按照合同工资标准进行赔偿。
   • 例如，用人单位未经劳动者同意擅自扣款，导致实发工资低于合同工资，劳动者可以要求用人单位补足差额，并在计算赔偿时以合同工资为基准。

三、实际操作建议

1. 保留证据：劳动者应当妥善保留与工资相关的所有证据，包括劳动合同、工资条、银行转账记录等。这些证据在计算赔偿时将起到至关重要的作用。
2. 与用人单位协商：在发现实发工资与合同工资不一致时，劳动者首先应当与用人单位进行协商，寻求合理的解决方案。如果协商无果，再考虑通过法律途径解决。
3. 寻求法律援助：如果劳动者在计算赔偿或维护自身权益方面遇到困难，可以寻求专业律师的法律援助。律师将根据具体情况为劳动者提供法律建议和支持。

四、特殊情况说明

在某些特殊情况下，如用人单位因经营困难而暂时无法按照合同工资标准支付工资，但已经与劳动者达成书面协议并明确了支付时间和方式，那么在这种情况下，赔偿的计算可能会以书面协议中的约定为准。然而，这并不意味着用人单位可以长期拖欠或低于合同工资标准支付工资，否则劳动者仍然有权要求用人单位按照合同工资标准进行赔偿。

总之，在实发工资和合同工资不一致的情况下，赔偿的计算需要综合考虑多种因素。如果你在这方面遇到具体问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。