在劳动合同上的工资与实际发放的不一样的情况下，裁员时申请补偿的工资标准，一般是以劳动合同中约定的工资为准，但如果有充分证据证明实际发放工资与合同不符且该不符非劳动者原因造成，也可能以实际发放工资为准。以下是对此问题的详细分析：

1. 劳动合同约定优先原则：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。劳动合同中约定的工资条款，是双方协商一致的结果，具有法律约束力。
   • 在裁员时，如果劳动合同中明确约定了工资标准，且没有证据表明该约定存在违法或无效情形，那么通常应以劳动合同中约定的工资作为计算补偿的依据。

2. 实际发放工资的考量：

   • 然而，如果劳动者能够提供充分证据证明实际发放的工资与劳动合同中约定的工资不符，并且这种不符并非由于劳动者自身原因造成（如用人单位故意少发、漏发工资等），那么在实际操作中，也可能以实际发放的工资作为计算补偿的依据。
   • 这种情况下，劳动者需要收集并保存好相关证据，如工资条、银行转账记录、用人单位的工资发放通知等，以证明实际发放的工资情况。

3. 特殊情况下的处理：

   • 如果劳动合同中约定的工资与实际发放的工资存在长期、稳定的差异，且这种差异是双方默认或接受的（如用人单位通过其他形式（如奖金、津贴等）补足工资差额），那么在裁员时，可能需要综合考虑多种因素来确定补偿标准。
   • 另外，如果用人单位存在违反法律法规规定（如未按时足额支付劳动报酬）的行为，导致劳动合同中约定的工资与实际发放的工资不符，那么劳动者有权要求用人单位按照实际发放的工资（或更高标准）支付补偿。

4. 法律建议：

   • 在面对这种情况时，我建议你首先与用人单位进行协商，尝试通过友好沟通解决争议。
   • 如果协商无果，你可以向当地的劳动争议调解组织申请调解，或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
   • 在申请仲裁或提起诉讼时，你需要提供充分的证据来证明你的主张，包括劳动合同、工资条、银行转账记录等。

举例说明：假设你与用人单位签订的劳动合同中约定的月工资为5000元，但实际发放时用人单位每月只支付了4000元，且这种差异持续了数月。在裁员时，如果你能够提供工资条、银行转账记录等证据证明实际发放的工资与合同不符，且这种不符并非由于你自身原因造成，那么你有权要求用人单位按照实际发放的工资（或更高标准，如合同约定的5000元）支付补偿。

总之，在处理这类问题时，你需要根据具体情况来综合判断并采取相应的法律措施。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。