针对您提出的“劳动合同和实际工资发放不一样时的辞退赔偿怎么计算”的问题，这确实是一个涉及多方面因素的复杂问题。下面我将根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，为您详细解析辞退赔偿的计算方法。

一、经济补偿金的基本计算

首先，我们需要明确经济补偿金的基本计算方式。根据《劳动合同法》第四十七条，经济补偿金是按照劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付的。具体来说：

1. 工作年限与补偿标准：

   • 每满一年，支付一个月工资的经济补偿。
   • 六个月以上不满一年的，按一年计算，即支付一个月工资。
   • 不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。

2. 月工资标准的确定：

   • 月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资，这个平均工资是包括基本工资、奖金、津贴和补贴等货币性收入的（但不包含加班工资）。
   • 如果劳动合同上约定的工资与实际发放的工资不一致，且实际发放的工资高于约定工资，那么在计算经济补偿金时，应以实际发放的平均工资为准。
   • 若劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资的三倍，那么支付经济补偿的标准将按职工月平均工资三倍的数额支付，且支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
   • 若劳动者月工资低于当地最低工资标准，则按最低工资标准计算。

3. 计算公式：

   • 经济补偿金 = 工作年限 × 月工资

二、特殊情况下的经济补偿金计算

1. 工作不满十二个月：

   • 如果劳动者在用人单位工作不满十二个月，那么月工资将按照实际工作的月数来计算平均工资。

2. 劳动者过错被辞退：

   • 如果劳动者因严重违反用人单位的规章制度等原因被辞退，那么用人单位无需支付经济补偿金。

3. 协商一致解除劳动合同：

   • 如果用人单位和劳动者协商一致解除劳动合同，那么用人单位仍然需要根据劳动者的工作年限支付经济补偿金。

三、违法解除劳动合同的赔偿金计算

如果用人单位违反《劳动合同法》的规定解除或终止劳动合同，且劳动者不要求继续履行或劳动合同已无法继续履行，那么用人单位需要按照经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。

• 赔偿金 = 经济补偿金 × 2

四、其他注意事项

1. 离职证明与工资结算：

   • 无论何种原因离职，用人单位都有义务为劳动者出具离职证明，并准确、及时地结算辞退当日的工资给劳动者。

2. 协商优先原则：

   • 在实际操作中，经济补偿金额可以由双方协商确定，但不得低于法定最低标准。如果双方对经济补偿金额有争议，可以通过劳动仲裁或诉讼等方式解决。

五、实际案例解析

假设某员工在公司工作了3年8个月，劳动合同上约定的月工资为4000元，但实际发放的平均工资为5000元（包括奖金、津贴等）。如果该员工被合法辞退，那么其经济补偿金应为：

• 经济补偿金 = 4年（3年满+8个月按1年算） × 5000元/月 = 20000元

如果该员工被违法辞退，那么其赔偿金应为：

• 赔偿金 = 20000元 × 2 = 40000元

综上所述，辞退赔偿工资的计算是一个综合考量多方面因素的过程。在实际操作中，建议劳动者和用人单位均咨询专业律师或法律机构，以确保各自权益得到妥善保障。希望以上解答能对您有所帮助。