核心结论：经济补偿金的计算基数通常以劳动合同中约定的工资为准，但若实发工资高于约定工资且存在合理理由，可能以实发工资作为计算基数。具体分以下两种情况分析：

1. 若劳动合同约定工资3500元为合法有效，且无其他特殊约定

• 经济补偿金计算基数：以劳动合同中约定的月工资3500元为准。
• 计算方式：根据《劳动合同法》第47条，经济补偿金=工作年限×月工资（工作年限满1年计1个月，6个月以上不满1年按1个月计，不满6个月按0.5个月计）。
• 示例：若工作2年，补偿金=2×3500=7000元。
• 法律依据：劳动合同是双方权利义务的依据，约定工资具有法律效力，除非存在法定调整情形。

2. 若实发工资6000元存在合理理由（如奖金、津贴等），且符合法律规定

• 可能调整计算基数：若6000元为劳动者正常劳动下的月均收入（包括基本工资、奖金、津贴等），且用人单位能证明该金额为劳动者实际收入，可能以6000元作为计算基数。
• 需满足条件：
  1. 用人单位能提供工资构成证明（如工资条、银行流水等）；
  2. 6000元未包含非经常性收入（如一次性奖金、股息等）；
  3. 双方未在劳动合同中明确排除奖金、津贴等计入经济补偿基数。
• 示例：若工作2年，补偿金=2×6000=12000元。
• 风险提示：若用人单位无法证明6000元为劳动者正常收入，或劳动合同明确约定经济补偿基数为3500元，则可能以3500元为准。

补充说明

1. 若用人单位违法解除劳动合同：劳动者可主张赔偿金（即经济补偿金的2倍）。例如，工作2年，赔偿金=2×2×3500=14000元（若以3500元为基数）。
2. 地区差异：部分地区（如上海）可能规定经济补偿基数以劳动者解除合同前12个月平均工资为准，但不得超过当地社平工资3倍。需结合当地政策判断。
3. 证据收集：建议劳动者保留工资条、银行流水、劳动合同等证据，以证明实际收入情况。

建议：若涉及具体纠纷，可进一步提供劳动合同、工资明细等材料，以便更精准分析。如有疑问，可直接向我咨询。