当劳动合同约定的薪资与实际发放的薪资不一致时，申请赔偿通常按照实际工资来计算，但在特定情况下也可能参考合同约定工资。以下是对此问题的详细分析：
一、一般情况：按实际工资计算赔偿
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十条，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。若用人单位未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬，劳动行政部门会责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金。
- 同时，根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十五条，若用人单位支付的工资低于当地最低工资标准，除补足差额外，还需按应付金额的50%至100%加付赔偿金。
实际操作：
- 在实际操作中，如果劳动者的实际工资低于合同约定工资，且用人单位存在拖欠或未足额支付的情况，劳动者有权要求用人单位按照实际应得工资进行赔偿。此时，赔偿的计算基数应为劳动者的实际工资，包括基本工资、奖金、津贴等所有货币性收入。
- 月平均工资的计算：具体赔偿金额通常依据劳动者在劳动合同解除或终止前十二个月的平均实际工资来确定。如果劳动者工作不满十二个月，则按实际工作月数计算平均工资。计算公式可以表示为：月平均工资 = （实际工资总额）/ 实际工作月数。
二、特殊情况：可能参考合同约定工资
合同明确约定且合法：
- 如果劳动合同中明确约定了工资数额，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么在发生争议时，法院或仲裁机构可能会参考合同约定来确定赔偿金额。但前提是实际支付的工资不得低于当地最低工资标准，且用人单位需证明其已按照合同约定支付了工资。
证据充分性：
- 在这种情况下，劳动者需要提供充分的证据证明实际工资与合同约定工资不符，以及用人单位存在拖欠或未足额支付的情况。同时，用人单位也需要提供相反的证据来证明其已按照合同约定支付了工资。在双方证据均充分的情况下，法院或仲裁机构会根据实际情况进行综合判断。
三、争议解决途径
劳动仲裁：
- 劳动者对赔偿金额或其他相关事宜有争议时，可向劳动仲裁委员会申请仲裁。仲裁机构将依法进行裁决，确保双方权益得到公正处理。
法律诉讼：
- 在特定情况下，劳动者可选择向法院提起诉讼，通过司法程序解决争议。诉讼过程中，劳动者需提供充分证据支持其主张，法院将根据事实和法律作出判决。
四、注意事项与建议
保留证据：
- 劳动者应妥善保存所有与工资相关的证据，包括工资条、银行流水、劳动合同、考勤记录等，以便在争议发生时提供有力证明。
及时维权：
- 一旦发现合同工资与实际工资不符，劳动者应及时向用人单位提出异议，并寻求法律途径维护自己的合法权益。避免拖延导致证据丢失或时效过期，影响维权的成功率。
总结来说，当劳动合同约定的薪资与实际发放的薪资不一致时，赔偿计算通常基于实际工资。然而，在特定情况下，如合同明确约定且合法、证据充分等，也可能参考合同约定工资。因此，劳动者在维权过程中应充分了解相关法律法规，并妥善保留所有相关证据，以便在需要时提供有力的支持。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。