店铺转为直营店后，工资的计算方式主要取决于劳动合同的变更情况以及相关法律法规的规定，具体如下：
劳动合同未变更，继续履行原合同
- 如果店铺转为直营店的过程中，用人单位（即店铺的所有者或经营者）没有发生变更，或者虽然用人单位发生了变更，但新用人单位愿意继续履行原劳动合同，那么员工的工资应当按照原劳动合同的约定进行计算和支付。
- 在这种情况下，员工的工资、福利、工作条件等通常不会因店铺转为直营店而发生变化，除非原劳动合同中有特别约定或者双方协商一致进行了变更。
劳动合同变更，需协商确定新工资
- 如果店铺转为直营店后，用人单位发生了变更，且新用人单位不愿意继续履行原劳动合同，或者双方协商一致需要变更劳动合同，那么员工的工资就需要根据新的劳动合同来确定。
- 在变更劳动合同时，双方应当就工资、福利、工作条件等关键条款进行充分协商，并达成一致意见。新劳动合同中的工资条款应当符合法律法规的规定，不得低于当地最低工资标准。
法律法规的保障
- 无论劳动合同是否变更，用人单位在支付员工工资时都必须遵守相关的法律法规，如《中华人民共和国劳动法》、《中华人民共和国劳动合同法》等。
- 这些法律法规规定了工资支付的基本原则、最低工资标准、加班工资的计算方法等，用人单位必须严格遵守，否则将承担相应的法律责任。
建议：
- 在店铺转为直营店的过程中，员工应当密切关注劳动合同的变更情况，确保自己的权益不受侵害。
- 如果用人单位提出变更劳动合同，员工应当仔细阅读新合同的条款，特别是关于工资、福利、工作条件等方面的约定，确保自己的权益得到充分保障。
- 如果员工对工资计算方式有疑问或不满，可以与用人单位进行协商，或者向当地的劳动监察部门投诉举报，维护自己的合法权益。