医疗期满后不能工作，用人单位可以依法解除劳动合同，但需遵循法定程序并支付相应补偿。具体办理流程和注意事项如下：

1. 确认医疗期期限
   根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，医疗期长度与员工实际工作年限及在本单位工作年限相关（如3-24个月不等）。用人单位需首先核实员工医疗期是否已届满，避免因期限计算错误引发纠纷。

2. 进行劳动能力鉴定（关键步骤）
   医疗期满后，用人单位应书面通知员工在指定期限内进行劳动能力鉴定。若员工拒绝或未完成鉴定，用人单位可依据《劳动合同法》第四十条，以“客观情况发生重大变化”为由解除合同，但需承担举证责任。
   若鉴定结果显示员工完全丧失劳动能力：用人单位不得直接解除合同，需按工伤保险条例处理（如移交社保部门或支付伤残津贴）。
   若鉴定结果显示部分丧失劳动能力：用人单位可协商调岗或解除合同，但需支付经济补偿。

3. 解除合同的法定程序

   • 提前30日书面通知：用人单位需以书面形式告知员工解除合同决定及理由，并留存送达证据（如EMS回执、签字确认单）。
     
   • 支付经济补偿：根据《劳动合同法》第四十六条，用人单位需按工作年限支付经济补偿（N倍月薪，N为工作年限，满6个月按1年计）。
     
   • 出具解除证明：解除合同后15日内，用人单位需为员工办理档案和社会保险关系转移手续，并出具解除劳动合同证明。

4. 特殊情形处理

   • 员工拒绝配合鉴定：用人单位可单方解除合同，但需证明已履行通知义务（如邮寄鉴定通知、短信提醒等）。
     
   • 员工主张继续履行合同：若员工通过劳动仲裁或诉讼要求恢复劳动关系，用人单位需举证证明“员工无法从事原工作且无法安排其他岗位”。
     
   • 医疗补助费争议：部分地区（如上海）规定，用人单位除支付经济补偿外，还需根据劳动能力鉴定结果支付医疗补助费（通常为6-12个月工资）。

5. 风险防范建议

   • 完善规章制度：在员工手册中明确医疗期管理流程，包括鉴定通知、调岗协商等环节。
     
   • 留存书面证据：所有沟通（如通知、协商记录）均需以书面形式进行，避免口头约定。
     
   • 咨询专业意见：涉及复杂情形（如工伤与疾病竞合、三期女职工医疗期）时，建议提前评估法律风险。

温馨提示：医疗期解除合同涉及劳动能力鉴定、经济补偿计算等多项专业操作，建议用人单位在操作前与员工充分沟通，并保留完整证据链。若您需要具体操作指导或合同文本审核，可直接向我咨询。