公司若将员工的劳动合同弄丢，在劳动仲裁中可能承担以下后果：

1. 举证责任倒置与不利后果：

   • 在劳动仲裁或诉讼中，劳动合同是证明劳动关系、工作内容、工资待遇等关键事实的重要证据。公司若丢失劳动合同，将难以直接证明这些关键事实，从而可能面临举证不能的不利后果。
   • 根据《劳动争议调解仲裁法》第六条：“发生劳动争议，当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。与争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理的，用人单位应当提供；用人单位不提供的，应当承担不利后果。”因此，公司若无法提供劳动合同，可能需承担因无法证明相关事实而产生的不利法律后果。

2. 支付未签劳动合同的双倍工资差额（特定情况下）：

   • 虽然劳动合同丢失并不直接等同于未签订劳动合同，但在某些情况下，如公司无法提供其他证据证明已与员工签订劳动合同，且员工主张未签订劳动合同的，仲裁机构或法院可能倾向于支持员工的诉求。
   • 根据《劳动合同法》第八十二条：“用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。”若公司因丢失劳动合同而无法证明已签订书面合同，可能需支付未签劳动合同的双倍工资差额。但需注意，此后果的适用需满足一定条件，如员工确实未签订劳动合同或公司无法提供其他证明已签订劳动合同的证据。

3. 影响其他劳动权益的认定：

   • 劳动合同中通常包含工作内容、工作地点、工作时间、工资待遇等关键条款，这些条款是认定员工劳动权益的重要依据。公司若丢失劳动合同，可能影响这些劳动权益的认定，如加班费计算、经济补偿金支付等。
   • 在劳动仲裁或诉讼中，若公司无法提供劳动合同作为证据，仲裁机构或法院可能根据员工提供的证据（如工资条、工作证、考勤记录等）或其他相关事实来认定员工的劳动权益。

建议与措施：

• 积极寻找替代证据：公司应尽快寻找其他能够证明劳动关系及劳动合同内容的证据，如员工入职登记表、工资发放记录、考勤记录、工作证等。这些证据可以在一定程度上弥补劳动合同丢失的不足。
• 与员工协商解决：在劳动仲裁前，公司可以尝试与员工协商解决争议，如补签劳动合同、支付一定的经济补偿等。通过协商解决争议可以节省时间和成本，并维护良好的劳动关系。
• 加强劳动合同管理：为避免类似情况再次发生，公司应加强劳动合同的管理，建立完善的劳动合同档案管理制度，确保劳动合同的保存和备份。同时，定期对劳动合同进行审查和更新，确保劳动合同的合法性和有效性。

总结：公司若将员工的劳动合同弄丢，在劳动仲裁中可能面临举证责任倒置、支付未签劳动合同的双倍工资差额（特定情况下）以及影响其他劳动权益的认定等后果。因此，公司应积极寻找替代证据、与员工协商解决争议，并加强劳动合同管理以避免类似情况再次发生。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。