劳动合同丢失并不影响劳动者申请劳动仲裁，只要能够证明劳动关系的存在，劳动者依然可以按照正常流程申请劳动仲裁来维护自身合法权益。以下是从不同角度为你提供的详细解答：

一、法律依据与仲裁范围

根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》及相关规定，劳动者与用人单位发生劳动争议时，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。劳动仲裁的受理范围广泛，包括但不限于因确认劳动关系、订立、履行、变更、解除和终止劳动合同、劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或赔偿金等发生的争议。因此，即使劳动合同丢失，只要争议属于劳动仲裁的受理范围，劳动者仍有权申请仲裁。

二、证明劳动关系的替代证据

劳动合同虽然是证明劳动关系的重要证据之一，但并非唯一证据。在劳动合同丢失的情况下，劳动者可以通过以下替代证据来证明劳动关系的存在：

1. 工资支付记录：如银行转账记录、工资条等，这些记录能够直接反映用人单位向劳动者支付劳动报酬的情况，是证明劳动关系的有力证据。
2. 社保缴纳记录：社保缴纳是用人单位的法定义务，社保缴纳记录可以作为证明劳动关系的重要证据。
3. 工作证、服务证：这些证件通常包含劳动者的姓名、职务、工作单位等信息，能够初步证明劳动者与用人单位的关联。
4. 考勤记录：如打卡记录、签到表等，这些记录能够证明劳动者的工作时间和出勤情况，进一步佐证劳动关系的存在。
5. 同事证言：如果有同事愿意作证，他们的证言也可以作为证明劳动关系的辅助证据。但需要注意的是，证人证言的证明力相对较弱，最好与其他证据相互印证。
6. 其他书面材料：如入职登记表、岗位调动通知、培训记录等，这些材料也可能包含有关劳动关系的信息。

三、申请劳动仲裁的流程

在收集了足够的替代证据后，劳动者可以按照以下流程申请劳动仲裁：

1. 准备仲裁申请书：申请书应载明劳动者的基本信息、用人单位的基本信息、仲裁请求及所依据的事实和理由、证据和证据来源等。同时，按照被申请人数提交副本。
2. 提交申请：向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请书。
3. 仲裁受理：仲裁委员会在收到仲裁申请后五日内进行审查，符合受理条件的将受理并通知申请人，不符合的将书面通知不予受理并说明理由。
4. 开庭审理：仲裁庭在受理申请后五日内组成，并将组成情况书面通知当事人。开庭时，仲裁员将听取双方陈述和辩论，调查事实，并组织质证。
5. 仲裁调解与裁决：在作出裁决前，仲裁庭应先行调解，促使双方自愿达成协议。调解不成或调解书送达前一方反悔的，仲裁庭应及时作出裁决。裁决书应自受理仲裁申请之日起四十五日内作出，复杂案件可延期十五日。

四、配合仲裁委员会的调查和审理

在仲裁过程中，劳动者应积极配合仲裁委员会的调查和审理工作，如实陈述事实，提供必要的协助。如果仲裁委员会认为有必要，还可能会进行现场调查或询问相关人员以核实情况。

五、后续行动与建议

1. 保持沟通：在仲裁过程中，与用人单位保持沟通，尝试通过协商解决问题，以节省时间和精力。
2. 关注进展：及时关注仲裁委员会的进展通知，确保不错过任何重要环节。
3. 准备上诉：如果对仲裁裁决不服，可以在收到裁决书之日起十五日内向人民法院起诉。

总结来说，劳动合同丢失并不影响你申请劳动仲裁的权利。只要能够证明劳动关系的存在，并按照正常流程申请仲裁，你仍然有机会维护自己的合法权益。如果你在仲裁过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。