当您发现劳动合同丢失后，依然有权申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。劳动合同的丢失并不是劳动仲裁的障碍，关键在于您需要收集其他能证明劳动关系的证据，并按照规定的程序提交仲裁申请。以下是一些详细的步骤和建议，帮助您顺利完成劳动仲裁流程：

一、明确法律依据与仲裁时效

首先，根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》及相关规定，您与用人单位发生劳动争议时，有权向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，自您知道或应当知道其权利被侵害之日起计算。因此，请务必在时效期内提出仲裁申请，以免面临败诉风险。

二、收集替代证据

由于劳动合同丢失，您需要积极收集其他能证明劳动关系的证据。这些证据可以包括但不限于：

1. 工资支付记录：如银行转账记录、工资条等，这些记录能够直接反映用人单位向您支付劳动报酬的情况。
2. 社保缴纳记录：社保缴纳是用人单位的法定义务，社保缴纳记录可以作为证明劳动关系的重要证据。
3. 工作证、服务证：这些证件通常包含您的姓名、职务、工作单位等信息，能够初步证明您与用人单位的关联。
4. 考勤记录：如打卡记录、签到表等，这些记录能够证明您的工作时间和出勤情况。
5. 同事证言：如果有同事愿意作证，他们的证言也可以作为证明劳动关系的辅助证据。但请注意，证人证言的证明力相对较弱，最好与其他证据相互印证。
6. 其他书面材料：如入职登记表、岗位调动通知、培训记录等，这些材料也可能包含有关劳动关系的信息。

三、准备仲裁申请材料

在收集了足够的替代证据后，您需要准备仲裁申请材料。这些材料包括：

1. 仲裁申请书：明确您（申请人）和用人单位（被申请人）的基本信息，详细列出仲裁请求（如支付拖欠工资、经济补偿金等），并阐述事实和理由。在申请书中，请详细说明劳动合同丢失的情况，并提供已收集的替代证据清单及证据内容。
2. 身份证明：您需要提供身份证原件及复印件；若委托他人代理，还需提交授权委托书及代理人身份证明。用人单位则需提供营业执照副本复印件等。
3. 证据材料：将您收集到的所有替代证据整理成册，并附上证据清单，以便仲裁委员会审查。

四、向有管辖权的仲裁机构提交申请

根据《劳动争议调解仲裁法》，劳动争议由劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会管辖。您需要将准备好的仲裁申请书及相关材料一式多份提交给当地劳动人事争议仲裁委员会。仲裁委将在5日内决定是否受理您的申请。

五、参加仲裁庭审

1. 庭审通知：若仲裁委受理您的申请，将向双方送达开庭通知，明确开庭时间、地点等信息。
2. 庭审过程：您需要准时参加庭审，遵守仲裁庭纪律，按照仲裁员的指引进行陈述、举证、质证和辩论。请如实陈述事实，合理阐述观点，并对对方提出的观点和证据进行回应。

六、等待仲裁裁决

仲裁庭将在受理仲裁申请之日起45日内作出裁决；案情复杂需要延期的，经劳动争议仲裁委员会主任批准，可延期但不得超过15日。裁决作出后，仲裁委将向双方送达仲裁裁决书。若您对裁决结果不服，可在收到裁决书之日起15日内向人民法院提起诉讼。

七、其他重要注意事项

1. 报案与复印：发现劳动合同丢失后，您可以及时向公安机关报案，并向公司人事部门报告情况。同时，可向用人单位申请复印留存的劳动合同副本，并加盖印章以证明其真实性。
2. 重新签订：若条件允许，您可以与用人单位重新签订新的劳动合同以保障自身权益。
3. 证据收集：在整个过程中，证据的收集尤为关键。请尽可能多地收集能证明劳动关系的证据，以增加仲裁胜算。

综上所述，劳动合同丢失并非劳动仲裁的障碍。您只需按照上述步骤和注意事项操作，并提供充分证据证明劳动关系存在及相关权益主张，即有可能通过劳动仲裁维护自己的合法权益。