劳动合同丢失并不影响你申请劳动仲裁来维护自身合法权益，只要能够证明劳动关系的存在，你依然可以按照正常流程申请劳动仲裁。以下是从不同角度为你详细分析的应对步骤和建议：

一、明确法律依据与仲裁范围

根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》及相关规定，劳动者与用人单位发生劳动争议时，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。劳动仲裁的受理范围广泛，包括因确认劳动关系、订立、履行、变更、解除和终止劳动合同、劳动报酬、工伤医疗费等发生的争议。因此，即使劳动合同丢失，你仍有权申请劳动仲裁。

二、收集替代证据以证明劳动关系

劳动合同虽然是证明劳动关系的重要证据，但并非唯一证据。你可以积极收集以下替代证据来证明劳动关系的存在：

1. 工资支付记录：如银行转账记录、工资条等，这些记录能够直接反映用人单位向你支付劳动报酬的情况。
2. 社保缴纳记录：社保缴纳是用人单位的法定义务，社保缴纳记录可以作为证明劳动关系的重要证据。
3. 工作证、服务证：这些证件通常包含你的姓名、职务、工作单位等信息，能够初步证明你与用人单位的关联。
4. 考勤记录：如打卡记录、签到表等，这些记录能够证明你的工作时间和出勤情况。
5. 同事证言：如果有同事愿意作证，他们的证言也可以作为证明劳动关系的辅助证据。但需要注意的是，证人证言的证明力相对较弱，最好与其他证据相互印证。
6. 其他书面材料：如入职登记表、岗位调动通知、培训记录等，这些材料也可能包含有关劳动关系的信息。

三、申请劳动仲裁并说明情况

在收集了足够的替代证据后，你可以按照以下步骤申请劳动仲裁：

1. 撰写仲裁申请书：详细陈述你的仲裁请求、事实和理由，并附上证据清单。仲裁请求应明确你想要通过仲裁解决的具体问题，如工资争议、加班费争议等。
2. 提交申请材料：将仲裁申请书及相关证据材料提交给当地劳动争议仲裁委员会。你可以选择向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会提交申请。
3. 等待受理通知：仲裁委员会在收到申请后，会进行审查，并在规定时间内决定是否受理。如果受理，仲裁委员会会通知你，并告知你后续的仲裁程序。

四、参与仲裁程序并维护权益

在仲裁过程中，你需要积极参与，并按照仲裁委员会的通知准时参加仲裁庭审。在庭审中，清晰、准确地陈述自己的仲裁请求、事实和理由，并提供相关证据。同时，针对用人单位的答辩和证据，进行辩论和质证，以维护自己的合法权益。

五、后续处理与执行裁决

1. 接受仲裁裁决：如果对仲裁裁决结果满意，你可以签收仲裁裁决书，并按照裁决结果执行。
2. 提起诉讼：如果对仲裁裁决结果不满意，你可以在规定时间内向人民法院提起诉讼，以进一步维护自己的权益。

温馨提示：在整个过程中，务必保持冷静和理性，按照法律程序进行操作。如果你在收集证据或申请仲裁过程中遇到任何困难或疑问，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。