用人单位遗失劳动合同，可能面临员工权益保障证据缺失、劳动纠纷举证难度增加、劳动行政部门处罚以及企业管理流程不规范等后果。具体分析如下：

一. 员工权益保障证据缺失

• 劳动合同是保障员工权益的重要文件，一旦遗失，可能在劳动纠纷发生时，导致员工权益保障的证据不完整。虽然遗失劳动合同并不必然导致用人单位在劳动纠纷中败诉，但无疑会增加其举证难度。

二. 劳动纠纷举证难度增加

• 在劳动纠纷中，劳动合同是关键证据之一。若用人单位遗失劳动合同，将难以直接证明与劳动者之间的劳动关系及合同内容，从而可能增加举证难度，影响纠纷的解决。

三. 劳动行政部门处罚

• 根据相关规定，用人单位有义务妥善保管劳动合同文本。若劳动行政部门在检查中发现用人单位遗失劳动合同，可能会对其作出责令改正等处罚，以督促用人单位规范劳动用工管理。

四. 企业管理流程不规范

• 劳动合同的遗失也反映出用人单位在劳动用工管理流程上的不规范。这可能导致用人单位在员工管理、薪资结算、离职手续办理等方面出现混乱，进而影响企业的正常运营。

为应对劳动合同遗失带来的后果，用人单位可采取以下补救措施：

• 与劳动者协商补签劳动合同，明确合同期限、工作内容、劳动报酬等关键条款，确保双方权益。
• 若无法补签，则通过其他材料佐证劳动关系，如工资支付凭证、社保记录、考勤记录等，这些材料能从不同角度证明双方存在劳动关系。
• 建立完善劳动合同保管制度，从制度层面保障劳动合同等关键资料的安全，避免类似情况再次发生。

综上所述，用人单位遗失劳动合同将可能面临多重后果，因此应高度重视劳动合同的保管工作，确保员工权益得到保障，同时避免不必要的法律风险和管理困扰。如有进一步需要，您可以继续咨询我。