核心结论：1993年已办妥交接手续却被单位认定为“自动离职”，您可通过以下途径维护权益，具体需结合当时政策、单位制度及证据情况综合处理。

一、先明确“自动离职”的法律性质及当时政策背景

1. “自动离职”的定性
   根据1982年《企业职工奖惩条例》及1993年劳动部相关文件，“自动离职”通常指职工无正当理由擅自离职，单位可按旷工处理并解除劳动合同。但若您已按单位要求办妥交接手续，说明离职行为是双方协商或单位安排的结果，单位单方面认定为“自动离职”可能缺乏依据。

2. 1993年的特殊政策背景
   当时《劳动法》尚未实施（1995年生效），劳动关系调整主要依据部门规章和地方政策。若单位制度未明确规定“交接后仍算自动离职”，或未履行解除劳动合同的法定程序（如书面通知、工会告知等），单位的认定可能违法。

二、关键证据收集与维权方向

1. 证明“已办交接”的证据

   • 交接单、离职申请表、单位盖章的离职证明等书面材料；
     
   • 同事证言、工资结算记录、社保停缴证明等辅助证据；
     
   • 若单位曾口头同意离职，可尝试通过录音、邮件等固定证据。

2. 维权途径

   • 劳动仲裁：向单位所在地劳动仲裁委申请仲裁，主张单位违法解除劳动关系，要求恢复劳动关系或赔偿损失（如工资、社保、经济补偿金等）。
     
   • 诉讼：若对仲裁结果不服，可向法院起诉。需注意：1993年的劳动争议可能适用当时时效规定（通常为60天），但若您持续主张权利（如信访、投诉），可能构成时效中断。
     
   • 协商解决：若证据不足或诉讼成本过高，可尝试与单位协商补办离职手续或争取补偿。

三、风险提示与建议

1. 时效问题：1993年的争议可能因时效届满面临败诉风险，但若单位未提出时效抗辩或您能证明时效中断，仍可能获支持。
   
2. 政策差异：不同地区对“自动离职”的处理可能存在差异，需结合当地政策分析。
   
3. 建议行动：
   
   • 尽快整理证据，咨询专业律师评估胜诉率；
     
   • 若单位仍存在，可优先通过劳动监察部门投诉或协商；
     
   • 若单位已注销，可尝试向其上级主管部门或出资人主张权利。

总结：单位单方面将已办交接的离职认定为“自动离职”可能违法，您可通过劳动仲裁或诉讼维权，但需充分准备证据并注意时效问题。如有进一步疑问或需具体指导，可直接向我咨询。