当单位注明员工为自动离职时，这通常意味着员工在未履行正常离职手续的情况下离开了工作岗位。自动离职并不等同于劳动者单方解除劳动合同或用人单位解除劳动合同，它是一个特定的法律概念，需要按照相关法律法规进行处理。

首先，要明确自动离职的认定。根据相关规定，自动离职是指劳动者终止劳动关系时不履行解除手续，擅自出走离岗，或者解除手续没有办理完毕而离开单位。这包括因辞职或要求解除合同未被同意便擅自出走、未说明原因不辞而别、或受优厚待遇诱惑而擅自“跳槽”等情形。

对于自动离职的处理，用人单位需要遵循以下步骤：

1. 确认自动离职事实：用人单位应确保有充分的证据证明员工确实存在自动离职的行为。这包括员工离开企业且在规定时限内不愿回企业的主观意愿、未履行相关手续或虽履行了手续但未经企业批准、以及超过规定的时限等。用人单位可以通过考勤记录、证人证言等方式来收集证据。
2. 审查解除劳动合同的合法性：如果用人单位决定基于自动离职的事实解除劳动合同，那么必须确保这一决定符合法律法规和公司的规章制度。这包括规章制度的制定是否经过民主程序、是否已公示或告知劳动者、内容是否合法等。同时，用人单位解除劳动合同的决定应当告知工会，并送达至劳动者。
3. 平衡劳动者权益与用人单位利益：在处理自动离职问题时，用人单位需要考虑到劳动者的权益和用人单位的利益。一方面，要防止用人单位违法解除不存在自动离职事实的劳动者；另一方面，也要防止因劳动者自动离职而给用人单位造成过大的损失。因此，在处理过程中需要谨慎权衡各方面的因素。

此外，对于自动离职人员的工龄计算问题，如果是机关、事业单位的工作人员，其自动离职前的工龄与重新就业后的工龄不能合并计算为连续工龄，而是从重新录用之日起计算。这一规定与企业中自动离职人员的工龄计算方式有所不同。

总之，当单位注明员工为自动离职时，用人单位需要按照相关法律法规和公司的规章制度进行处理。在处理过程中要确保有充分的证据支持、遵循合法程序，并平衡好劳动者权益与用人单位利益的关系。